扭曲的rdkit MolsToGridImage png文件，因为每行10个分子。我怎么修理它？

Question

这是我的剧本：

   dopts = Draw.rdMolDraw2D.MolDrawOptions()
    dopts.prepareMolsBeforeDrawing = True

    k = 10
    results = Draw.MolsToGridImage(
        self.hits[:k + 1], molsPerRow=5, subImgSize=(250,250),
        drawOptions=dopts,
        legends=[x.GetProp("chembl_id")
                 for x in self.hits[:k]],        )
    results.save(f'{self.out_dir}/output.png')

但是整个图像输出文件中的分子放错了位置output is something like this.

我已将此作为一个问题发布，尚未解决https://github.com/rdkit/rdkit/issues/4097

Answer 1

查看有关分子制备的documentation section（prepareMolsBeforeDrawing），似乎表明如果2D构象已经存在，它将不会生成新构象

Does some cleanup operations on the molecule to prepare it to draw nicely. The operations include: kekulization, addition of chiral Hs (so that we can draw wedges to them), wedging of bonds at chiral centers, and generation of a 2D conformation if the molecule does not already have a conformation

如果你的分子来自某种类似SDF的东西，那么也许移除已经存在的构象可以解决这个问题，尽管我不能完全确定，因为我没有SDF要测试。在绘制图像之前，请尝试添加以下内容，假设您对已经存在的构象没有任何用处，否则，请事先制作一份副本

# Assuming molecules are in a list named mols
for mol in mols:
    mol.RemoveAllConformers()  # edited in-place

编辑：

在一些具有3D构象的化合物上进行测试，移除构象确实迫使rdkit生成新的2D坐标用于描述

或者，您也可以自己添加二维坐标，覆盖现有构象，然后如果您愿意，可以删除preparation参数，前提是您对它执行的其他清理步骤不感兴趣：

for mol in mols:
    AllChem.Compute2dCoords(mol, clearConfs=True)