生物信息学代码：我有这个代码，我希望输入是两个字符串：文本和模式，输出是一个数字

Question

def PatternCount(Text,Pattern):
    count = 0
    for i in range(0,len(Text)-len(Pattern)):
        if Text[i:len(Pattern)] == Pattern:
            count = count + 1
    return count
Text = input("enter DNA string")
Pattern = input("enter 1st Pattern")

这是我的密码

• 输入：字符串文本和模式
• 输出：计数（文本、图案）

例如：

• 样本输入：
  • 文本：GCG
  • 模式：GCG
• 样本输出：
  • 二,

Answer 1

Text[i:len(Pattern)]中的第二个数字不是长度，而是最终位置。您需要向它添加i

此外，为了找到最终匹配，您需要再迭代一个周期

def PatternCount(Text,Pattern):
    count = 0
    for i in range(0, 1 + len(Text) - len(Pattern)):
        if Text[i:i + len(Pattern)] == Pattern:
            count = count + 1
    return count
Text = input("enter DNA string ")
Pattern = input("enter 1st Pattern ")
print(PatternCount(Text,Pattern))

Answer 2

除了choroba所示的更正函数之外，还可以使用^{}-

import re
print(len(list(re.finditer("(?=%s)" % Pattern, Text))))

-或者^{}具有相同的零宽度前瞻模式