使用scanpy邻居函数的内核死亡

2024-09-30 05:21:36 发布

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每当我使用sc.pp.neighbors(adata)时,我都会收到以下消息(没有任何错误):

enter image description here

我有:

scanpy==1.8.1

pynndescent==0.5.4

numba==0.54.0

umap-learn==0.5.1

anndata==0.7.6

我的数据集只包含约20000个单元格,所以我的内核使用这个相对较小的数据集死亡是非常奇怪的

我甚至尝试使用scanpy的bbknn函数作为替代,我的内核也死了

我还遇到了与github上的问题相同的问题:https://github.com/theislab/scanpy/issues/1567,但它还没有解决方案

我试图在cmd而不是jupyter笔记本上运行代码,但出现了下一个错误:

LLVM ERROR: Symbol not found: __svml_sqrtf8

我应该怎么做才能正确运行此函数


Tags: 数据函数github消息错误neighbors内核learn

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