如何构建Jupyter笔记本页面以访问远程分子动力学结果？

Question

我想知道是否有可能，以及如何在远程（而不是在我的机器上）托管Jupyter笔记本页面，协作者可以将其加载到web浏览器中以查看结果？没有共享机器，所有文件都需要位于一个中心位置，例如，托管在Google Drive上，Jupyter笔记本页面也必须基于URL进行访问

首先，我已经使用Gromacs执行了MD模拟，并且文件当前在我的机器上是本地的。然后，我将Jupyter笔记本加载到我的机器上，导入MDAnalysis Python包，并根据Gromacs（.trr/.xtc/.pdb）生成的轨迹文件执行一些分析。我还包括一些使用NGLViewer的短模拟轨迹，以便观察模拟的各个部分

我面临的问题是，我希望我的合作者能够看到/与分析工作互动，并使用NGLViewer观察模拟

其中涉及到一些挑战：

（1）如何/在何处远程托管Jupyter笔记本，以便我的合作者可以在浏览器窗口中查看进度？我不希望他们编辑或运行代码，只是观察和复制文本并下载图片。这是为了避免我打包（例如，作为某种降价文档）增量版本的分析并通过电子邮件发送它们

（2）此远程Jupyter笔记本页面中的分析代码（用Python编写并使用MDAnalysis软件包）需要什么来加载远程存储在例如Google Drive上的数据文件

（3）与（2）类似，NGLViewer能否加载远程文件（例如存储在Google Drive上的文件），并在站点上显示轨迹以供合作者观察

尽管我的问题与诸如MDAnalysis、NGLViewer和来自第三方应用程序（Gromacs）的结果等python包有关，但我正在寻找一种新的方式，将多个项目的结果共享给不同国家的团队，以及我自己的团队，我目前无法亲自见到他们

Answer 1

您可以创建一个Google Drive文件夹并将数据添加到其中。然后与需要访问数据的所有同事共享数据

最后，创建一个GoogleColab笔记本并在那里添加代码。您可以选择允许人们编辑和运行笔记本，或者只允许他们查看结果。如果你只授予他们阅读权限，他们必须将笔记本中的副本保存到自己的谷歌硬盘中，才能编辑笔记本

这些选项都可以在Colab的菜单栏中找到

您可以将google drive文件夹连接到Colab，如下所示：

from google.colab import drive
drive.mount('/content/drive')