RSeQC裁剪_剖面上的multiqc

Question

以下snakemake代码无法生成multiqc输出，尽管它适用于orther RSeQC工具，包括geneBody_覆盖、连接_饱和和读取_分布（为清晰起见，此处删除）

rule rseqc_cliping_profile:
    """
    Run RSeQC on merged bam files
    """
    input:
        bam = "results/mappings/{smp}_mappings.bam"
    output:
        pdf3 = "results/rseqc2/{smp}.clipping_profile.R1.pdf",
        pdf4 = "results/rseqc2/{smp}.clipping_profile.R2.pdf",
        xls = "results/rseqc2/{smp}.clipping_profile.xls"
    shell: """
        mkdir -p intermediate/rseqc2
        # Run clipping_profile.py
        clipping_profile.py -i {input.bam} \
        -q 30 \
        -s PE \
        -o intermediate/rseqc2/{wildcards.smp} \
        && cp -f intermediate/rseqc2/{wildcards.smp}.clipping_profile.R1.pdf {output.pdf3} \
        && cp -f intermediate/rseqc2/{wildcards.smp}.clipping_profile.R2.pdf {output.pdf4} \
        && cp -f intermediate/rseqc2/{wildcards.smp}.clipping_profile.xls {output.xls}
        """

你知道我做错了什么吗

中间体/rseqc2中的结果属于以下类型（此处仅限S12）：

S12.clipping_profile.r
S12.clipping_profile.R1.pdf
S12.clipping_profile.R2.pdf
S12.clipping_profile.xls

multiqc -f -i "RSeQC" -o intermediate/multiqc_rseqc2 -n multiqc_rseqc2 intermediate/rseqc2

[INFO   ]         multiqc : This is MultiQC v1.6
[INFO   ]         multiqc : Template    : default
[INFO   ]         multiqc : Report title: RSeQC
[INFO   ]         multiqc : Searching 'intermediate/rseqc2'
[WARNING]         multiqc : No analysis results found. Cleaning up..
[INFO   ]         multiqc : MultiQC complete

这不是一个蛇形问题

尽管剪裁配置文件在我的multiqc配置yaml中，但似乎不适合查找用于打印的剪裁配置文件数据

xls文件实际上是变相的tsv文件；将它们重命名为.txt或.tsv并不能提高几率

Answer 1

The MultiQC documentation on RSeQC support表明MultiQC不支持该特定工具（clipping_profile），但它确实支持您提到的其他工具