关于使用MDAPackmol（python中的packmol）的问题

Question

我想在我的研究中使用python包装器for packmol（MDAPackmol）。为了做到这一点，我尝试使用GitHub上提供的示例代码和pdb文件，以便了解如何使用包装器。但是，当我运行代码时，我收到以下错误消息：ValueError: invalid literal for int() with base 10

以下是完整的追溯：

错误源于长度为零的字符串start.resname。resname有一个数字和一个字母似乎有问题，因此Universe（由load_packmol_output返回的对象）也有问题。因此，残留物存在问题。我现在想知道这是下载/安装MDAnalysis的错误还是缺少依赖项。如有任何建议或见解，将不胜感激。谢谢

Answer 1

我真的无法重现您的错误，但让我们从stacktrace反向工作

我们在mdapackmol.py的184号线上。失败的部分是int(start.resname[1:])。如果我运行示例代码，那么start.resname等于R0，因此start.resname[1:]是'0'，而int(start.resname[1:])是0

在您的例子中，start.resname可能类似于R，因此start.resname[1:]是''，然后int(start.resname[1:])会因ValueError而失败

stacktrace的其余部分没有提供足够的信息来推断start.resname没有所需格式的原因。但是试着在一个有调试支持的编辑器中运行代码（比如VSCode，就像我在上面的屏幕截图中所做的那样），添加足够的断点，并尝试逐步检查代码和MDAPackmolCode，直到发现哪里出了问题