我正在运行一些分子模拟,我有一个带有坐标的文件(一个.xyz文件,基本上是一个带有选项卡列的文件),我需要向它发送另一个文件,它将是我模拟的输入文件
为了给你一张图片,这是我的输入文件在坐标下的样子(底部还有更多的东西保持不变):
inputfile.py
# One-electron Properties
# Methacrylic acid (MA0)
# Neutral
# 86.09 g/mol
memory 8 GB
molecule MA0 {
0 1
C 2.87618 -0.84254 0.16797
C 2.96148 0.13611 1.08491
C 2.43047 -0.01082 2.47698
C 3.62022 1.40750 0.67356
O 3.45819 2.47668 1.24567
}
.
.
.
我已经在另一个文件中生成了一些坐标。该文件看起来像:
conformer_coords.xyz
15
conformer index = 0001, molecular weight is = 100.052429496, MMA.pdb
O 2.98687 0.35207 1.05259
C 2.40900 0.04400 0.02100
O 1.13058 0.37171 -0.29283
C 0.85476 1.77012 -0.33847
.
.
.
我要做的是将inputfile.py
中的坐标替换为conformer_coords.xyz
中的坐标。我的conformer中的坐标位置数是已知的。现在让我们称之为N
。所以,conformer_coords.xyz
有N+2行
我基本上想从conformer_coords.xyz
获取坐标,并将它们放在
{
0 1
和}
(是的,那里需要0 1
)
我该怎么做?python能做到吗?无论如何,我都在使用子流程,所以如果awk或bash能够做到这一点,如果有人能给我指出正确的方向,我将非常感激
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