Snakemake云执行命令参数(GCP)

2024-09-28 21:49:37 发布

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我想在谷歌云平台上使用Snakemake,所以我使用了本教程:https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/executing/cloud.html

我做了第一步,然后我需要这样做:https://snakemake.readthedocs.io/en/v5.8.0/executing/cluster-cloud.html#executing-a-snakemake-workflow-via-kubernetes

在阅读了下面的文本后,我在我的GCP帐户的一个项目中创建了一个名为mybucketname的bucket,我的命令是:

snakemake --kubernetes --use-conda --default-remote-provider GS --default-remote-prefix mybucketname

问题是,我得到了错误“错误:未找到Snakefile,尝试了Snakefile,Snakefile,workflow/Snakefile,workflow/Snakefile。”

我试图用另一个不存在的bucket名称来更改命令中bucket的名称,但得到了相同的错误;这意味着命令在GCP中找不到我的bucket

我还没有在控制台(我的bucket所在的地方)中指定项目名称,所以也许这就是解决方案?但我不知道如何具体说明

我还尝试用我的bucket配置中写入的Link URL和Link for gsutil参数替换mybucketname,但它不起作用

有人能帮我吗?谢谢


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