Networkx未按属性正确着色边

Question

我试图在networkx中描述一个传输网络，到目前为止我一直做得很好，但问题如下： 我从txt文件中加载了edgelist，格式如下：

61  1
54  79
66  134
68  57

等等。此外，为了在正确的位置绘制网络节点，我加载了一个带有节点坐标的txt，并将其添加到图形中，其格式如下：

1   478947.434  4204495.502
2   478909.145  4204244.629
3   479065.936  4204709.003
4   478880.827  4204297.676
5   478993.409  4204167.957

之后，我运行下面的脚本，正确地描述了我的网络位置

import networkx as nx
import numpy as py
import copy
import matplotlib.pyplot as plt
import xlwings as xw
from xlwings import Book, Range

pos={}
with open(r'C:\Users\alexl\Documents\new_python\nodes_coordinates.txt') as f:
    for line in f:
        node, x, y = line.split()
        pos[node] = float(x), float(y)

print(pos)
network0 = nx.read_edgelist(r'C:\Users\alexl\Documents\new_python\init_edgelist.txt', create_using = nx.OrderedDiGraph)

nx.draw(network0, pos = pos, with_labels = True, edge_color = G, edge_cmap = plt.cm.Reds, connectionstyle = 'arc3,rad=0.1')
         

plt.show()

现在，我想要的是正确地为每条边指定“权重”，并根据此属性为其着色。每个边都有3种可能的结果，0、1和2，所以我想要3种不同的颜色，例如，红色表示0，绿色表示1，蓝色表示2。我有一本Python字典，如下所示：

{0: 1.0, 1: 1.0, 2: 0.0, 3: 1.0, 4: 1.0, 5: 0.0, 6: 0.0, 7: 0.0, 8: 1.0,...

等等。第一个值（1.0）对应于上面edgelist的第一条边，第二个值（1.0）对应于第二条边，等等。但是我发现networkx不理解这一点，并且没有正确地为我的网络着色。我将dictionary转换为list并执行了以下操作：

var1 = G.values()
list1 = list(var1)
col = []
for n in range(len(list1)):
    if list1[n] == 0:
        col.append('b')
    elif list1[n] == 1:
        #col.append('r')
    else:
        #col.append('g') 
nx.draw(network0, pos = pos, with_labels = True, edge_color = col, edge_cmap = plt.cm.Reds, connectionstyle = 'arc3,rad=0.1')

我检查了结果，但信件不正确。我认为，如果列表中有32个'0'，它将使用我指定给它的颜色为32条边着色，但不是正确的边。（但每次我运行它时，相同的32条边都是这样着色的，所以它可能不是随机的。）我想知道什么是错误的。我也试着把它当作一本字典（不是转换成列表），但实际上颜色不止3种，我不知道；我不知道为什么。 我是否应该尝试将这些值（0、1、1、2等）添加到edgelist.txt中，以便正确完成赋值

Answer 1

传递给绘图函数的边的顺序很重要。
您需要确保edge_color列表（col）的顺序与network0.edges的顺序相同，而实际上并非如此

之所以发生这种情况，是因为network0.edges与init_edgelist.txt文件的顺序不同，这可能是您假设的

要检查此项，请尝试打印network0.edges并进行比较

解决方案

相反，我建议在创建network0时向边添加带有假装颜色的边权重，如下所示：

G = {0: 1.0, 1: 1.0, 2: 0.0, 3: 1.0, 4: 1.0, 5: 0.0, 6: 0.0, 7: 0.0, 8: 1.0}
list1 = list(G.values())
col = []
for n in range(len(list1)):
    if list1[n] == 0:
        col.append('b')
    elif list1[n] == 1:
        col.append('r')
    else:
        col.append('g') 


network0 = nx.OrderedDiGraph()
i = 0
with open(r'init_edgelist.txt') as f:
    for line in f:
        n1, n2 = line.split()
        network0.add_edge(n1, n2, color = col[i])
        i += 1

然后，您只需提取颜色并绘制：

colors = [network0[u][v]['color'] for u,v in network0.edges()]

nx.draw(network0, pos = pos, with_labels = True, edge_color = colors, edge_cmap = plt.cm.Reds, connectionstyle='arc3,rad=0.1')

完整代码：

import networkx as nx
import numpy as py
import copy
import matplotlib.pyplot as plt
import xlwings as xw
from xlwings import Book, Range

pos={}
with open(r'nodes_coordinates.txt') as f:
    for line in f:
        node, x, y = line.split()
        pos[node] = float(x), float(y)

#print(pos)

G = {0: 1.0, 1: 1.0, 2: 0.0, 3: 1.0, 4: 1.0, 5: 0.0, 6: 0.0, 7: 0.0, 8: 1.0}
list1 = list(G.values())
col=[]
for n in range(len(list1)):
    if list1[n] == 0:
        col.append('b')
    elif list1[n] == 1:
        col.append('r')
    else:
        col.append('g') 

network0 = nx.OrderedDiGraph()

i = 0
with open(r'init_edgelist.txt') as f:
    for line in f:
        n1, n2 = line.split()
        network0.add_edge(n1,n2, color=col[i])
        i += 1

#print(network0.edges())

colors = [network0[u][v]['color'] for u,v in network0.edges()]

nx.draw(network0,pos=pos,with_labels=True,edge_color=colors,edge_cmap=plt.cm.Reds, connectionstyle='arc3,rad=0.1')