我正试图为我的leastsq模型和方程绘制数据,因为我不断得到形状误差。我只是想猜测符合数据的参数,但如果看不到图表,我就做不到
以下是我到目前为止的情况:
from scipy.integrate import odeint
Import numpy as np
Import matplotlib.pyplot as plt
#data
didata1 = np.loadtxt("diauxic1.txt")
time = didata1[:,0]
pop2 = didata1[:,1]
# model equations
def diauxic_ode(x,t,params):
r1,r2,k = params
y,S1,S2 = x
derivs = [r1*S1*y+(k/(k+S1))*r2*S2*y, -r1*S1*y, -(k/(k+S1))*r2*S2*y]
return derivs
# runs a simulation and returns the population size
def diauxic_run(pars,t):
r1,r2,k,y0,S10,S20 = pars
ode_params=[r1,r2,k]
ode_starts=[y0,S10,S20]
out = odeint(diauxic_ode, ode_starts, t, args=(ode_params,))
return out[:,0]
# residual function
def diauxic_resid(pars,t,data):
r1,r2,k,y0,S10,S20 = pars
ode_params=[r1,r2,k]
ode_starts=[y0,S10,S20]
out = odeint(diauxic_ode, ode_starts, t, args=(ode_params,))
return diauxic_run(pars,t)-data
p0 =[1,1,1,1,1,1]
lsq_out = leastsq(diauxic_resid, p0, args=(time,pop2))
plt.plot(time,pop2,'o',time,diauxic_resid(p0,time,lsq_out[0]))
plt.show()
直接错误是调用
diauxic_resid(p0,time,lsq_out[0])
resid
和run
,参数都是错误的。在参数中有一个初始点p0
,在这里您想要绘制调整后的结果,这一点是不正确的,这一点已经很清楚了李>因此,替换为
diauxic_run(lsq_out[0],time)
。甚至更好的方法是,拆分打印命令并增加曲线的采样密度根据生成的测试数据
导致拟合参数
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