向Networkx Indexer中的图形节点添加（浮点）坐标

Question

我有一个.txt格式的数据集，我想将其绘制成图形。此txt提供如下数据：

68  57
65  86
67  83
105 156

等等，所以它是一个边缘主义者

import networkx as nx
import numpy as py
import copy
import matplotlib.pyplot as plt

network0=nx.read_edgelist(r'C:\Users\alexl\Documents\new_python\init_edgelist.txt',create_using=nx.DiGraph)

nx.draw(network0)
plt.show()

在这些之后，我可以看到一个绘制的有向图，正如我所想，它有错误的拓扑结构。节点和边已正确连接，但没有位置信息。 我尝试在此文件中导入另一个包含3列的.txt（节点x y），例如：

2   478909.145  4204244.629

为此：

coordinates=py.loadtxt(r'C:\Users\alexl\Documents\new_python\nodes_coordinates.txt')
pos=coordinates
nx.draw(network0,pos=pos,with_labels=True)
plt.show()

但似乎不起作用。 索引器：只有整数、片（:）、省略号（...）、numpy.newaxis（None）和整数或布尔数组是有效的索引<<&书信电报；这就是我尝试运行此操作时控制台中显示的内容。 我想这是因为坐标是浮动的？？或者txt给出的，他们组成一个列表，我们想要一本字典？之后，我想将权重（0,1,2）添加到边上，但首先我想看到数据按照拓扑“正确”绘制

Answer 1

nx.draw期望pos成为一个字典，因为它们的键是节点，值是位置

假设您希望将输入读取为numpy数组，您可以做的是

pos = dict(zip(coordinates[:,0].astype(int), coordinates[:,1:]))
nx.draw(network0, pos=pos, with_labels=True)

否则，您可以迭代文件的行，直接构建字典

pos = {}
with open('coords.txt') as f:
    for line in f:
        node, x, y = line.split()
        pos[node] = float(x), float(y)