运行Stringtie prepDE.py后，您能帮助我解决出现的错误吗？

Question

当我运行prepDE.py作业退出时，出现以下错误。我正在使用StringTie/2.1.4和Python/2.7.18。 下面是我正在运行的命令（在ADA集群内）

#Loading New modules

module load StringTie/2.1.4-GCC-9.3.0
module load Python/2.7.18-GCCcore-9.3.0

#converting data to DESEQ2 compatible format

prepDE.py

Traceback (most recent call last): File "/sw/eb/software/StringTie/2.1.4-GCC-9.3.0/bin/prepDE.py", line 58, in samples = [(i,glob.iglob(os.path.join(opts.input,i,"*.gtf")).next()) for i in next(os.walk(opts.input))1 if re.search(opts.pattern,i)] StopIteration

我的目录结构如下Directory structure

├── ballgown
│   ├── PVX_2d_1
│   │   ├── e2t.ctab
│   │   ├── e_data.ctab
│   │   ├── i2t.ctab
│   │   ├── i_data.ctab
│   │   ├── PVX_2d_1.gtf
│   │   └── t_data.ctab
│   ├── PVX_2d_2
│   │   ├── e2t.ctab
│   │   ├── e_data.ctab
│   │   ├── i2t.ctab
│   │   ├── i_data.ctab
│   │   ├── PVX_2d_2.gtf
│   │   └── t_data.ctab
│   ├── PVX_2d_3
│   │   ├── e2t.ctab
│   │   ├── e_data.ctab
│   │   ├── i2t.ctab
│   │   ├── i_data.ctab
│   │   ├── PVX_2d_3.gtf
│   │   └── t_data.ctab

在这方面你能帮我吗？ 提前谢谢

Answer 1

这是基于错误和documentation linked的有根据的猜测：

-i INPUT, input=INPUT, in=INPUT
– a folder containing all sample sub-directories, or a text file with sample ID and path to its GTF file on each line [default: . ]

尝试使用以下命令调用脚本：

prepDE.py -i ballgown

因为数据子文件夹位于ballgown文件夹中