我正试图为我的生态学课程制作一个很酷的图表——展示不同种类的微生物是如何相互关联的
我有这个xml
文件,它编码了一个系统发育树
<phyloxml xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xmlns="http://www.phyloxml.org" xsi:schemaLocation="http://www.phyloxml.org http://www.phyloxml.org/1.10/phyloxml.xsd">
<phylogeny rooted="false">
<clade>
<clade>
<name>Methanopyri</name>
</clade>
<clade>
<clade>
<name>Methanococci</name>
</clade>
<clade>
<clade>
<clade>
<name>Thermococci</name>
</clade>
<clade>
<name>Thermoplasmata</name>
</clade>
</clade>
<clade>
<clade>
<name>Methanobacteria</name>
</clade>
<clade>
<clade>
<name>Archaeoglobi</name>
</clade>
<clade>
<clade>
<name>Methanomicrobia</name>
</clade>
<clade>
<name>Haloarchaea</name>
</clade>
</clade>
</clade>
</clade>
</clade>
</clade>
</clade>
</phylogeny>
</phyloxml>
使用Bio
库,我可以制作一个看起来有点无聊的图形
from Bio import Phylo
def build_tree(fname: str):
""" build a tree from a file """
tree = Phylo.read(fname, 'phyloxml')
return tree
if __name__ == '__main__':
tree = build_tree('microbes.xml')
我得到以下图像:
我宁愿吃这样的东西:
我怎么能这样做呢?我很难找到好的图书馆
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