使用Numba进行调试

Question

我的第一个问题是，告诉我我是否做错了

我的问题

我正在用Numba编写一个模块。当然，我已经运行了一个分段故障，我找不到它来自哪里。因此，我试图调试它using gdb from Numba，但它不起作用：segfault被引发，但我没有从它的来源获得任何信息：

[Reading symbols]
28  ../sysdeps/unix/sysv/linux/nanosleep.c: Aucun fichier ou dossier de ce type.
0x00007feacc67ea30 in __GI___nanosleep (requested_time=0x7ffdfe227510, 
    remaining=0x7ffdfe227510) at ../sysdeps/unix/sysv/linux/nanosleep.c:28
Breakpoint 1 at 0x7fea9d234150: file numba/_helperlib.c, line 1131.
Continuing.
double free or corruption (!prev)
51  ../sysdeps/unix/sysv/linux/raise.c: Aucun fichier ou dossier de ce type.

Program received signal SIGABRT, Aborted.
__GI_raise (sig=sig@entry=6) at ../sysdeps/unix/sysv/linux/raise.c:51
(gdb) 

在gdb初始化期间，这也会打印在stderr中：

attach: No such file or directory.

注意，我已经通过设置kernel.yama.ptrace_scope=0

复制Numba的调试示例

我不知道它是否算是一个正常工作的复制机，但我试着运行我前面提到的Numba文档中的示例：

  from numba import njit, gdb_init
  import numpy as np

  @njit(debug=True)
  def foo(a, index):
      gdb_init() # instruct Numba to attach gdb at this location, but not to pause execution
      b = a + 1
      c = a * 2.34
      d = c[index] # access an address that is a) invalid b) out of the page
      print(a, b, c, d)

  bad_index = int(1e9) # this index is invalid
  z = np.arange(10)
  r = foo(z, bad_index)
  print(r)

我无法获得与他们相同的输出：

[Reading symbols]
0x00007efcb5a60a30 in __GI___nanosleep (requested_time=0x7ffff4990f70, 
    remaining=0x7ffff4990f70) at ../sysdeps/unix/sysv/linux/nanosleep.c:28
28  ../sysdeps/unix/sysv/linux/nanosleep.c: Aucun fichier ou dossier de ce type.
Breakpoint 1 at 0x7efcabf3d150: file numba/_helperlib.c, line 1131.
Continuing.
Traceback (most recent call last):
  File "/home/.../test_segfault.py", line 16, in <module>
    r = foo(z, bad_index)
IndexError: index is out of bounds
[Inferior 1 (process 4299) exited with code 01]

我的错误消息并没有指明SEGFULT的确切行，只是jitted函数

再一次，我有这个信息，这可能是我的问题的根源

attach: No such file or directory.

有人能帮我做这件事吗

或是与一个同等问题的链接？我发现文档和论坛在调试Numba时非常简短

或者可以用其他方法跟踪Numba jitted函数中的segfault

谢谢你阅读我的文章，我希望这是可以理解的

Answer 1

the segfault is raised but I get no information from where it comes from

这不是SEGFULT，这是SIGABRT，因为glibc检测到双重自由或损坏。这种错误最好由Valgrind或AddressSanitizer调试，而不是由gdb调试。如果您的程序相对较小，请使用Valgrind，因为它更易于使用。如果不是的话，我建议使用消毒液