在Networkit中检索原始节点名称

Question

我不确定我是否了解Networkit如何处理节点的名称

假设我使用另一个Python模块（如Networkx）从edgelist中读取了一个大型图形；然后我将其转换为网络图，并执行一些操作，比如计算成对距离。一段简单的代码可以做到这一点：

import networkx as nx
import networkit as nk

nxG=nx.read_edgelist('test.edgelist',data=True)

G = nk.nxadapter.nx2nk(nxG, weightAttr='weight')

apsp = nk.distance.APSP(G)
apsp.run()
dist=apsp.getDistances()

简单的豌豆

现在，如果我想对这些距离做些什么呢？例如，如果我想根据（我不知道）路径上的权重或任何其他需要检索原始节点ID的度量来绘制它们，该怎么办

getDistances()函数返回一个列表列表，每个节点一个列表，每个列表与每个其他节点的距离相同，但我不知道Networkit如何将节点的名称映射到它用作节点标识符的整数序列，以及它计算距离并将其存储在输出中所遵循的顺序

Answer 1

从networkx创建新图形时，NetworKit会创建一个字典，将nxG中的每个节点id映射到G中从0到n-1的唯一整数（其中n是节点数）和this instruction。 不幸的是，nx2nk没有返回此映射，因此您应该自己创建它

假设您希望获得从节点1到节点2的距离，其中1和2是nxG中的节点ID：

import networkx as nx
import networkit as nk

nxG=nx.read_edgelist('test.edgelist',data=True)

G = nk.nxadapter.nx2nk(nxG, weightAttr='weight')

# Get mapping from node ids in nxG to node ids in G
idmap = dict((id, u) for (id, u) in zip(nxG.nodes(), range(nxG.number_of_nodes())))

apsp = nk.distance.APSP(G)
apsp.run()
dist=apsp.getDistances()

# Get distance from node `1` to node `2`
dist_from_1_to_2 = dist[idmap['1']][idmap['2']]