<p>一般来说，phylip是不同程序之间系统发育最复杂的格式。有严格的phylip格式和放松的phylip格式等。。。t不容易知道所使用的分隔符、空格字符和/或回车符</p>
<p>我认为您似乎在分类单元的名称（即序列标签）和序列名称之间留了一个空格，即</p>
<pre><code>2. esv2
</code></pre>
<p>Phylip格式正在监视标签和序列数据之间的空间。在本例中，序列长度为3bp。使用“.”通常也不是一个好主意。整数似乎不表示行号</p>
<p>另一个问题是，您可以/应该尝试将序列与标签保持在同一行，并删除回车符，即</p>
<pre><code>esv2 TACGGAGGGTGCAAGCGTTATCCGGATTCACTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGTGGGTTGGTAAGTCAGTGGTGAAATCTCCGAGCTTAACTTGGAAACTGCCATTGATACTATTAATCTTGAATATTGTGGAGGTTAGCGGAATATGTCATGTAGCGGTGAAATGCTTAGAGATGACATAGAACACCAATTGCGAAGGCAGCTGGCTACACATATATTGACACTGAGGCACGAAAGCGTGGGGATCAAACAGG
</code></pre>
<p>有时回车符不起作用（这可能是phylip格式），传统格式使用空格字符“”。我总是保持统一数量的空格来保持对齐。。。不确定是否需要这样做</p>
<p><em>注意</em>如果分类单元名称超过10个字符，则需要宽松的phylip格式，这种格式在任何情况下都是一个好主意</p>
<p>最终的解决方案是，所有其他失败的都是转换为fasta，作为fasta导入，然后转换为phylip。如果这一切都失败了。。。回来后还有更多的问题需要解决</p>
<hr/>
<p>Fasta格式删除“23 254”标题，然后每个序列如下所示</p>
<pre><code>>esv2
TACGGAGGGTGCAAGCGTTATCCGGATTCACTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGTGGGTTGGTAAGTCAGTGGTGAAATCTCCGAGCTTAACTTGGAAACTGCCATTGATACTATTAATCTTGAATATTGTGGAGGTTAGCGGAATATGTCATGTAGCGGTGAAATGCTTAGAGATGACATAGAACACCAATTGCGAAGGCAGCTGGCTACACATATATTGACACTGAGGCACGAAAGCGTGGGGATCAAACAGG
</code></pre>
<p>在“>；esv2”和序列之间始终存在回车符。此外，始终存在“>；”作为标签（分类单元名称）的前缀，无任何spae。您可以简单地通过Python中的reg ex或“re”进行转换。使用perl单行程序，它将是<code>s/^([az]+[0-9]+)/>$1/g</code>类型的代码。我敢肯定，他们将是一个在线网站，将做到这一点</p>
<p>然后，只需在import命令中将“phylip”替换为“fasta”。一旦导入，您要求BioPython转换为您想要的任何格式，它应该不会有任何问题</p>
Biopython给出了ValueError：即使序列的长度相同，序列的长度也必须相同
回答此问题可获得 20 贡献值，回答如果被采纳可获得 50 分。
<p>我试图通过从我的数据生成一个.phy文件来创建一个系统发育树</p>
<p>我有一个数据帧</p>
<p>ndf=</p>
<blockquote>
<p>ESV trunc</p>
<p>1 esv1 TACGTAGGTG...</p>
<p>2 esv2 TACGGAGGGT...</p>
<p>3 esv3 TACGGGGGG...</p>
<p>7 esv7 TACGTAGGGT...</p>
</blockquote>
<p>我检查了列“trunc”元素的长度：</p>
<p><code>length_checker = np.vectorize(len)</code></p>
<p><code>arr_len = length_checker(ndf['trunc']) </code></p>
<p>结果arr_len为所有元素提供了相同的长度（=253）</p>
<p>我将此数据帧保存为.phy文件，如下所示：</p>
<blockquote>
<p>23 253</p>
<ol>
<li><p>esv1 TACGTAGGTGGCGAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGCGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGG</p>
</li>
<li><p>esv2 TACGGAGGGTGCAAGCGTTATCCGGATTCACTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGTGGGTTGGTAAGTCAGTGGTGAAATCTCCGAGCTTAACTTGGAAACTGCCATTGATACTATTAATCTTGAATATTGTGGAGGTTAGCGGAATATGTCATGTAGCGGTGAAATGCTTAGAGATGACATAGAACACCAATTGCGAAGGCAGCTGGCTACACATATATTGACACTGAGGCACGAAAGCGTGGGGATCAAACAGG</p>
</li>
<li><p>esv3 TACGGGGGGGGCAAGCGTTGTTCGGAATTACTGGGCGTAAAGGGCGCGTAGGCGGCCAGACCAAGTCGAGTGTGAAATTGCAGGGCTTAACTTTGCAGGGTCGCTCGATACTGGTCGGCTAGAGTGTGGAAGAGGGTACTGGAATTCCCGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATCGGGAGGAACACCAGCGGCGAAGGCGGGTACCTGGGCCAACACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCTAGGGGAGCAAACAG</p>
</li>
</ol>
</blockquote>
<p>这与<a href="https://towardsdatascience.com/molecular-phylogenetics-using-bio-phylo-57ce27492ee9" rel="nofollow noreferrer">this tutorial</a>中使用的文件类似</p>
<p>但是，当我运行命令时
<code>aln = AlignIO.read('msa.phy', 'phylip')</code></p>
<p>我得到“ValueError：序列必须都是相同长度的”</p>
<p>我不知道为什么会这样，也不知道如何修复它。非常感谢您的帮助</p>
<p>谢谢</p>
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