如何在python中生成一个forcedirected图？

Question

我想要一个显示几个节点的图，节点之间的方向箭头表示一个关系，其厚度与它们的连接强度有关。在

在R中这很简单

library("qgraph")
test_edges <- data.frame(
   from = c('a', 'a', 'a', 'b', 'b'),
   to = c('a', 'b', 'c', 'a', 'c'),
   thickness = c(1,5,2,2,1))
qgraph(test_edges, esize=10, gray=TRUE)

产生：

但是在Python中我还没有找到一个清晰的例子。NetworkX和igraph似乎暗示这是可能的，但我还没能搞清楚。在

Answer 1

我第一次尝试使用NetworkX的标准绘图函数来实现这一点，它使用matplotlib，但是我并不是很成功。在

但是，NetworkX也supports drawing to the ^{} format，即supports edge weight, as the ^{} attribute。在

所以这里有一个解决方案：

import networkx as nx

G = nx.DiGraph()
edges = [
    ('a', 'a', 1),
    ('a', 'b', 5),
    ('a', 'c', 2),
    ('b', 'a', 2),
    ('b', 'c', 1),
    ]
for (u, v, w) in edges:
    G.add_edge(u, v, penwidth=w)

nx.nx_pydot.write_dot(G, '/tmp/graph.dot')

然后，要显示图形，请在终端中运行：

^{pr2}$

（或操作系统上的等效项）

这表明：