我正在尝试建立一个深度学习网络(https://github.com/MIC-DKFZ/nnUNet)来处理我自己的数据集,但我在路径方面遇到了问题。我使用了几种方法来定义我的路径。作者为此问题导入了以下软件包:
import os
from batchgenerators.utilities.file_and_folder_operations import maybe_mkdir_p, join
有了这些,我分别尝试了以下几行:
base = os.environ["nnUNet_base"]
base = join("Tortuosity", "nnUNet_base")
base = "Tortuosity/nnUNet_base"
我在Tortuosity
目录中有nnUNet_base
目录。对于第一种方法,它似乎没有正确注册目录(我请求print("base =", base)
,作为回报,我得到None
。对于第二种和第三种方法,我得到以下错误:
Traceback (most recent call last):
File "experiment_planning/plan_and_preprocess_task.py", line 18, in <module>
from nnunet.paths import base,splitted_4d_output_dir, cropped_output_dir, preprocessing_output_dir, raw_dataset_dir, network_training_output_dir
File "/home/pere/anaconda3/envs/nnunet_env/nnUNet/nnunet/paths.py", line 51, in <module>
maybe_mkdir_p(splitted_4d_output_dir)
File "/home/pere/anaconda3/envs/nnunet_env/lib/python3.6/site-packages/batchgenerators/utilities/file_and_folder_operations.py", line 40, in maybe_mkdir_p
os.mkdir(os.path.join("/", *splits[:i+1]))
PermissionError: [Errno 13] Permission denied: '/nnUNet_base'
我不知道在这种情况下如何调整权限。请帮助,我应该如何有效地定义我的案例的路径?我正在Mac上运行一个带有Ubuntu 16.04的VM
谢谢大家!
错误是这样的:
也就是说,路径在/之下,而不在您的主目录中。仅使用绝对路径的修复程序写在nunet的注释中
如果弯曲度直接在您的主文件夹中
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