如何提取Rpy2中的“RS4”元素

Question

我是《R应用空间数据分析》一书的中文读者，该书对空间分析工作非常有用。我试图用Rpy2将R代码翻译成python，因为python可以处理更复杂的数据源。但是我对Rpy2代码有一个问题。NY8数据随电子邮件附上。 R代码为：

library(rgdal)
NY8<-readOGR(".","NY8_utm18")
Syracuse<-NY8[NY8$AREANAME=="Syracuse city",]
Sy2_nb<-poly2nb(Syracuse,queen=FALSE)
library(spdep)
Sy2_nb<-poly2nb(Syracuse,queen=FALSE)
Sy2_lw<-nb2listw(Sy2_nb)
moran.plot(NY$POP8,Sy2_lw)

当我用Rpy2翻译它时，代码是：

>>> from rpy2.robjects.packages import importr
>>> utils = importr('utils')
>>> utils.install_packages('rgdal')
>>> rgdal=importr('rgdal')
>>> import os
>>> os.chdir("C:\\PYDATA\\NY")
>>> NY8=rgdal.readOGR(".","NY8_utm18")
>>> print(robjects.r['summary'](NY8))

当我想翻译代码“Syracuse<；-NY8[NY8$AREANAME==”Syracuse city“，] “，例如：

>>>Syracuse=NY8[NY8$AREANAME=="Syracuse city",]

显示错误消息：SyntaxError:无效语法 似乎我无法通过“$”提取“AREANAME”，因为“$”在python中是非法的

Answer 1

使用方法rx2（https://rpy2.github.io/doc/latest/html/vector.html#extracting-r-style）：

NY8.rx2("AREANAME")

如果这是一个S4对象（您的评论表明是这样），一个简单的方法是获取泛型“$”并将其用作函数

base = importr("base")
# "$" is not a syntactically valid name for a Python function,
# so we fetch it form the instance's dictionary of attributes

dollar = base.__dict__["$"]
dollar(NY8, "AREANAME")

Answer 2

无法获得可接受的答案，因此编写了此函数：

def subset_RS4(rs4, subset):
    subset_func = r("""function(o, s){
    o[s]
    }
    """)
    return subset_func(rs4, subset)

现在可以使用对象作为第一个参数，子集作为另一个参数来调用subset_RS4

我是这样使用它的：

subset1 = r[">"](r["width"](peaks1), args.min_width)
print(subset_RS4(peaks1, subset1))