从Python脚本重定向subprocess.run（）stderr

Question

上下文：我正在使用SRA工具包从SRA下载访问。下载.sra文件后，需要使用输出stderr到终端的vdb-validate accession检查其完整性。我想将这个stderr捕获到一个文件中，以便以后处理

问题：而vdb-validate accession &> validation_file.txt工作正常，将stderr存储在validation_file.txt中，并且不向终端打印任何内容；在使用subprocess.run(["vdb-validate", accession, "&>", validation_file])从Python脚本中使用subprocess.run（）调用相同的命令后（accessment和validation_file是变量）输出将打印到终端，并且不会向文件写入任何内容

提前谢谢

注意：我在Linux服务器上使用的是Python 3.6.8

Answer 1

子流程允许您捕获stdout：

>>> subprocess.check_output(["echo", "Hello World!"])
'Hello World!\n'

您可以使用stderr=subprocess.STDOUT轻松地将stderr重定向到stdout：

>>> subprocess.check_output(
...     "ls non_existent_file; exit 0",
...     stderr=subprocess.STDOUT,
...     shell=True)
'ls: non_existent_file: No such file or directory\n'