我想知道是否有一种方法可以使用perl或python从MSA中删除只有间隙和/或N和/或的列(除了核苷酸以外的所有东西)。它将在多个MSA上运行
seq1
ATCGNN-??ATCG
seq2
ATCGNN--ATCGCG
seq3
ATCG-?NCGAAAAA
(拆下第5、6、7列)
我知道有一些像TrimAl这样的工具可以选择删除gappy位置,但我不知道是否可以调整它以查看仅包含字符'-''N''?'的位置。我想在路线的其他部分保留?,N,-,所以我认为tr命令没有帮助
多谢各位
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