我用氨基酸序列的doc2vec包埋来预测动力学速率。你知道吗
我试过标准化和不标准化我的输入向量(X),但是除非我标准化我的输出变量(动力率),否则我的GP模型预测所有测试输入的非常相似的数字(在4.87和4.9之间)?你知道吗
你是应该标准化你的输出值还是我的模型有问题?你知道吗
我使用的是Python中的GPy包。你知道吗
这是我的密码:
#GP Regression for word vectors
def Gp_regression(Xtrain, Ytrain, Xtest, Ytest):
kernel = GPy.kern.RBF(input_dim = 64, variance = 1, lengthscale = 1)
m = GPy.models.GPRegression(Xtrain, Ytrain, kernel=kernel, noise_var=1e-10)
m.optimize_restarts(num_restarts = 10)
Xtest = np.ndarray(shape=(1,64))
mean = m.predict(Xtest)
return mean
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