对每组文件重复此命令

Question

我在一个叫做ObiTools的程序中处理DNA序列数据。我想找到一种方法，在同一个文件夹中的每一组文件重复一个命令。你知道吗

例如，如果我有文件

Sequence_A1_R1.fastq,
Sequence_A1_R2.fastq,
Sequence_A2_R1.fastq,
Sequence_A2_R2.fastq,
etc.

我想为X的每个值运行以下命令，这样X总是相同的值（没有不同值的组合）。你知道吗

illuminapairedend Sequence_X_R1.fastq Sequence_X_R2.fastq > Sequence_X_pairedend.fastq

有没有一个python脚本可以轻松做到这一点？你知道吗

谢谢

Answer 1

假设您的文件位于文件列表中，并且已经包含在早期的Python代码中，您可以这样做：

对于范围（0，len（文件列表），2）中的文件位置： command=“IlluminaPaireEnd”+ 文件列表+ 文件列表[文件位置+1]+ “>；序列\u X”_PaireEnd.fastq公司" 操作系统（命令）

最后一个命令已被完全覆盖here

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只有在Python中获取文件列表时，这才是最好的方法。如果文件列表来自其他地方，那么几乎可以肯定，最好在命令shell中编写脚本：bash。你知道吗