如何使用命令行argumen同时输入fasta文件和文本文件

Question

我有一个fasta文件和一个文本文件，我想使用命令行参数用python输入我的文件。你知道吗

我想用这样的方法：

python3 myprogram.py --fasta_file test_seq.fasta --enzyme_file enzymes.fasta

Answer 1

您需要使用argparse，但我强烈建议您先阅读教程（https://docs.python.org/3/howto/argparse.html）。你知道吗

解决问题的可能方法如下：

import argparse

parser = argparse.ArgumentParser()
parser.add_argument(" fasta_file")
parser.add_argument(" enzyme_file")

args=parser.parse_args()
with open(args.fasta_file, "r") as f:
fasta_data = f.readlines()

with open(args.enzyme_file,"r") as f:
enzyme_data=f.readlines()