把文件中的序列分成3个并编号

Question

我有一个包含序列的文件：atgaagctagcattc。我想要一个简单的python代码 将此序列分成3个：ATG AAG GCT。。。。然后把它们的指数也分成3： 123 456 789........ 你知道吗

最终打印输出应如下所示：

ATG 123
AAG 456
CTA 789
GGC 101112
ATA 131415
TTC 161718

这就是我目前所做的：

#!/usr/bin/python
import string
import sys
fileName1=sys.argv[1];
o=open(fileName1);
I=o.readlines();
I=map(string.strip,I);
I=''.join(I);
for i in range(0,len(I),3):
    print I[i:i+3], i+1; 

我得到的结果是：

ATG 1
AAG 4
CTA 7
GGC 10
ATA 13
TTC 16

第一列是正确的，但第二列不是我想要的。你知道吗

Answer 1

而不是

print I[i:i+3], i+1; 

做

print I[i:i+3], i+1, i+2, i+3; 

Answer 2

您可以告诉read指令一次获取三个字符：

i=1
while True :
    v = o.read(3)
    print v, " ", i, i+1, i+2
    i+=3
    if len(v) < 3:
        break