我正在研究基因组规模的模型,并试图创造一种适合两种最佳通量条件的最小培养基。我得到了两个字典,其中包含所需的媒体组件,如下所示:
EX_C00001_ext_b 1.132993
EX_C00011_ext_b 1.359592
EX_E1_ext_b 16.000000
EX_C00034_ext_b 0.000088
EX_C00244_ext_b 0.259407
EX_C00182N_cyt_b 0.006079
EX_C00009_ext_b 0.020942
EX_C01330_ext_b 0.000110
EX_C00080_ext_b 0.258331
EX_C00001_ext_b 0.780699
EX_C14819_ext_b 0.000197
EX_C00059_ext_b 0.005162
EX_C00011_ext_b 1.198398
EX_C14818_ext_b 0.000217
EX_C00305_ext_b 0.000802
EX_C00038_ext_b 0.000088
EX_C00070_ext_b 0.000088
EX_C06232_ext_b 0.000088
EX_C00076_ext_b 0.000131
EX_C00238_ext_b 0.004925
EX_E1_ext_b 16.000000
EX_C00175_ext_b 0.000094
我想合并这两个字典,以最优雅的方式为每个代谢物选择最高的值,它应该是可用的,无论字典大小。你知道吗
它应该给我以下结果:
EX_C00034_ext_b 0.000088
EX_C00244_ext_b 0.259407
EX_C00182N_cyt_b 0.006079
EX_C00009_ext_b 0.020942
EX_C01330_ext_b 0.000110
EX_C00080_ext_b 0.258331
EX_C00001_ext_b 1.132993
EX_C14819_ext_b 0.000197
EX_C00059_ext_b 0.005162
EX_C00011_ext_b 1.359592
EX_C14818_ext_b 0.000217
EX_C00305_ext_b 0.000802
EX_C00038_ext_b 0.000088
EX_C00070_ext_b 0.000088
EX_C06232_ext_b 0.000088
EX_C00076_ext_b 0.000131
EX_C00238_ext_b 0.004925
EX_E1_ext_b 16.000000
EX_C00175_ext_b 0.000094
下面是供你使用的例子。你知道吗
{'EX_C00034_ext_b': 8.757888959017035e-05, 'EX_C00244_ext_b': 0.2594073529471562, 'EX_C00182N_cyt_b': 0.006078784247428623, 'EX_C00009_ext_b': 0.02094224214212716, 'EX_C01330_ext_b': 0.00010954587179767827, 'EX_C00080_ext_b': 0.2583314448433369, 'EX_C00001_ext_b': 0.7806992563484072, 'EX_C14819_ext_b': 0.00019712476138777617, 'EX_C00059_ext_b': 0.005162038491279668, 'EX_C00011_ext_b': 1.1983981620820985, 'EX_C14818_ext_b': 0.00021724189246195394, 'EX_C00305_ext_b': 0.0008020492051022175, 'EX_C00038_ext_b': 8.757888959017035e-05, 'EX_C00070_ext_b': 8.757888959017036e-05, 'EX_C06232_ext_b': 8.757888959017035e-05, 'EX_C00076_ext_b': 0.00013122381476546977, 'EX_C00238_ext_b': 0.0049252286422986884, 'EX_E1_ext_b': 16.000000000000245, 'EX_C00175_ext_b': 9.42845999482296e-05}
{'EX_C00001_ext_b': 1.1329932376320115, 'EX_C00011_ext_b': 1.3595918851584152, 'EX_E1_ext_b': 16.000000000000387}
请注意,我不知道哪个字典的值更高。你知道吗
编辑
从我的示例中可以看出,即使两个字典都包含相同的键,但并不是所有的键都在两个字典中。因此,我无法循环遍历这些键,因为我不知道是否跳过了其中一个键。 我想你可以先从所有需要合并的字典中创建一组键,但我不确定这是否是一个好方法。你知道吗
是,只应保存最高值。你知道吗
编辑2
不幸的是,这样更新媒体后,我得到了一个错误
TypeError: in method 'Reaction_setReversible', argument 2 of type 'bool'
当我尝试用更新的媒体将模型写入xml文件时。你知道吗
**上次编辑**
如果有人遇到同样的问题,您只需要指定值为floats。之后一切正常。你知道吗
您可以迭代所有的
keys
,而不是创建一个临时的set
对象来保存字典的键,如果字典很大,这是有意义的。你知道吗您可以使用以下dictcomp:
你可以使用一个班轮,由mykolazlotko提供,这是很好的和非常python的方式。或者你可以使用更长的版本,比如:
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