seq-ann 1.1.0

概述

seqann包允许 用户在一致序列中注释基因特征。{2$注释可以在tt2}方法中创建 BioSeqAnn类。初始化BioSeqAnn类时不需要参数。但是，注释可以是 使用BioSQL数据库时创建速度明显更快。如果没有提供BioSQL数据库，则下载并解析最新的hla.dat文件。 包含所有IPD-IMGT/HLA的BioSQL数据库在DockerHub上可用，可以 在任何安装了docker的计算机上运行。在

安装

pip install seq-ann

参数

下面是初始化BioSeqAnn对象时使用的参数和默认值的列表。在

使用

要对序列进行注释，请初始化新的BioSeqAnn对象，然后将该序列传递给 annotate方法。序列必须是BiopythonSeq。不需要序列的轨迹，但它将提高注释的准确性。在

The packages ncbi-blast+ and clustalo are required to be installed on your system.

Set variables to BioSQL host/port if using BioSQL.

fromseqannimportBioSeqAnnseqann=BioSeqAnn()ann=seqann.annotate(sequence,"HLA-A")

序列的注释可以使用或不提供BioSeqDatabase。使用BioSQL数据库 使用与正在运行的数据库匹配的参数初始化BioSeqDatabase。如果你是 从DockerHub运行imgt_biosqldb，则以下参数相同。在

fromseqannimportBioSeqAnnfromBioSQLimportBioSeqDatabaseserver=BioSeqDatabase.open_database(driver="pymysql",user="root",passwd="my-secret-pw",host="localhost",db="bioseqdb",port=3306)seqann=BioSeqAnn(server=server)ann=seqann.annotate(sequence,"HLA-A")

您可能需要将环境变量：BIOSQLHOST（例如“localhost”）和BIOSQLPORT（例如3306）设置到docker实例。在

注释

{'complete_annotation': True,
     'annotation': {'exon_1': SeqRecord(seq=Seq('AGAGACTCTCCCG', SingleLetterAlphabet()), id='HLA:HLA00630', name='HLA:HLA00630', description='HLA:HLA00630 DQB1*03:04:01 597 bp', dbxrefs=[]),
                    'exon_2': SeqRecord(seq=Seq('AGGATTTCGTGTACCAGTTTAAGGCCATGTGCTACTTCACCAACGGGACGGAGC...GAG', SingleLetterAlphabet()), id='HLA:HLA00630', name='HLA:HLA00630', description='HLA:HLA00630 DQB1*03:04:01 597 bp', dbxrefs=[]),
                    'exon_3': SeqRecord(seq=Seq('TGGAGCCCACAGTGACCATCTCCCCATCCAGGACAGAGGCCCTCAACCACCACA...ATG', SingleLetterAlphabet()), id='HLA:HLA00630', name='<unknown name>', description='HLA:HLA00630', dbxrefs=[])},
     'features': {'exon_1': SeqFeature(FeatureLocation(ExactPosition(0), ExactPosition(13), strand=1), type='exon_1'),
                  'exon_2': SeqFeature(FeatureLocation(ExactPosition(13), ExactPosition(283), strand=1), type='exon_2')'exon_3': SeqFeature(FeatureLocation(ExactPosition(283), ExactPosition(503), strand=1), type='exon_3')},
     'method': 'nt_search and clustalo',
     'gfe': 'HLA-Aw2-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-4',
     'seq': SeqRecord(seq=Seq('AGAGACTCTCCCGAGGATTTCGTGTACCAGTTTAAGGCCATGTGCTACTTCACC...ATG', SingleLetterAlphabet()), id='HLA:HLA00630', name='HLA:HLA00630', description='HLA:HLA00630 DQB1*03:04:01 597 bp', dbxrefs=[])}

一旦一个序列被注释，基因特征和它们对应的序列就可以在返回的Annotation对象中找到。如果一个完整的 无法生成批注，则不会返回任何内容。下面是一个示例，展示了如何访问和打印这些特性。在

ann=seqann.annotate(sequence,"HLA-A")forfeatinann.annotation:print(feat,ann.gfe,str(ann.annotation[feat].seq),sep="\t")

依赖关系

• Clustal Omega1.2.0或更高版本
• Python 3.6
• blastn