rnacounter 1.5.2

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rnaccounter估算基因及其不同转录本的丰度 从读取对齐。外显子和内含子也可以量化。

它在注释的基因组特征中提供了快速的读取计数，并且简单， 从rna序列数据中量化亚型的有效方法。 使用的方法在[<；ref>；]中有说明。 对于来自鼠标的1GB BAM文件，典型的运行时间预计不到2分钟 rna测序，随bam大小线性增加。

对于所有这些任务，它只需要一个来自基因组上读取映射的BAM文件， 以及一个描述外显子结构的gtf/gff文件 例如由Ensembl或Genrep提供的。

它不是用来作为一个库，而是通过它的命令行工具“rnaccounter”

代码项目托管在github（https://github.com/delafont/rnacounter）中，获得gpl-2许可。

用法：

请参阅“rnaccounter–help”和教程 http://bbcf.epfl.ch/bbcflib/tutorial_rnacounter.html， 也可以在doc/文件夹中找到。

最小示例：

rnacounter test.bam test.gtf

安装：

首先确保安装了numpy，然后安装rnaccounter。 使用简易安装：

sudo easy_install numpy
sudo easy_install rnacounter

或者更好的是，使用pip：

sudo pip install numpy
sudo pip install rnacounter

它作为标准Python库安装，但包含可执行文件 把它放在你的钱路的某个地方将添加依赖项 自动

检查它是否与测试一起工作命令：

rnacounter test

它应该显示类似的内容：

ID  Count   RPKM    Chrom   Start   End     Strand  GeneName        Type    Sense   Synonym
ENSMUSG00000038271  0.0     0.0     chr6    125095258       125111800       1       Iffo1   Gene    .       .
ENSMUSG00000057666  3956.87179487   434612.223694   chr6    125111870       125116485       -1      Gapdh   Gene    .       .
ENSMUSG00000038252  0.0     0.0     chr6    125118026       125141613       -1      Ncapd2  Gene    .       .

要使用pip卸载：

sudo pip uninstall rnacounter

代码与Python2.7和Python3完全兼容。

从源构建：

这允许在重建之前修改Cython源代码（rnaccounter.pyx）

从https://github.com/delafont/rnacounter克隆或下载存储库。

您需要安装cython（pip install cython）。

从rnaccounter.pyx所在位置（rnaccounter/rnaccounter/）运行：

sudo python setup.py build_ext

它将重新编译以创建rnaccounter.c并构建它。 然后将可执行文件（rnaccounter/bin/rnaccounter）添加到$PATH， 或者从包根目录（rnaccounter/）安装：

sudo python setup.py install

依赖关系：

测试使用以下库版本运行，但可能使用早期版本。

• setuptools 7.0+（安装）
• pysam 0.7.5+（samtools包装器）
• numpy 1.6.2+（高效数字数组）
• scipy 0.9.0+（nnls算法）
• docopt 0.6.1+（命令行参数解析）
• cython 0.20+（将python代码转换为c）

测试：

测试testfiles/文件夹中的文件： -gapdhko.bam:在mm9上对齐，仅覆盖gapdh。 -mm9_3genes_renamed.gtf：用gapdh提取的ensembl-gtf，其前后的基因。 -mm9_gapdh_renamed.gtf：仅用gapdh提取ensembl gtf。

示例：

rnacounter testfiles/gapdhKO.bam testfiles/mm9_3genes_renamed.gtf

（相当于test命令的作用）：

rnacounter test

BAM包含4041个完全对齐Gapdh（ENSMUSG00000057666）外显子的读操作， 主要在ENSMUSE00000487077上，也有ENSMUSE00000751942和ENSMUSE00000886744。 其他外显子上什么都没有，这使得它成为条件恶劣的输入数据的一个很好的例子

最小二乘法返回以下文本的计数： 恩斯穆斯特00000117757，恩斯穆斯特00000118875，恩斯穆斯特00000147954 在ENSMUST00000073605，ENSMUST00000144205，ENSMUST00000144588上没有

故障排除：

以下未列出的任何错误报告、使用问题或功能请求均可发送至 julien.delafontaine@epfl.ch或webmaster.bbcf@epfl.ch