对qiime分析管道的有用补充，包括用于数据可视化和集群计算的工具。
qiime-tools的Python项目详细描述
qiime工具
qiime工具项目是一个python代码和脚本的集合，这些代码和脚本 通过添加/更改几个 步骤包括：支持集群计算，支持多个初级版本 （消除引物偏差）[2]，增强对物种特异性的支持 分析和其他可视化工具。
安装
从pypi安装qiime工具：
$ pip install qiime-tools
来源：
$ python setup.py install
文件
脚本和代码的完整文档可在 QIIME-tools documentation site
要求
matplotlib用于pcoa图。Biopython对于某些序列和fastq 处理，尽管其用途正在逐步淘汰。fuzzpy对于 计算模块。请注意，在安装中这些不是作为依赖项列出的 脚本，因为它们不是所有功能所必需的。根据需要安装。
来源
QIIME-tools source托管在github上。
引用
描述qiime工具软件的手稿目前在 准备。在发布之前，请引用github存储库和 作者：shareef m.dabdoub。
使用qiime工具的出版物
梅森等人，临床健康电流的龈下微生物群 从不吸烟。ISME期刊，2014；doi:10.1038/ismej.2014.114
dabdoub等人，牙周和种植体周围微生物组的患者特异性分析。 牙科研究杂志，2013；doi: 10.1177/0022034513504950
参考文献
[1]J Gregory Caporaso等人，qiime允许分析 高通量社区测序数据。《自然方法》，2010年； doi:10.1038/nmeth.f.303
[2]Kumar PS等人，目标区域选择是一个关键的决定因素 16s热测序产生的群落指纹。公共科学图书馆一号 （2011）6（6）：E20956。doi:10.1371/journal.pone.0020956
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