pymzid从蛋白质组学搜索引擎读取mzidentml文件
pymzid的Python项目详细描述
侏儒
从质谱/蛋白质组学实验中的蛋白质鉴定结果读取mzid文件
安装和使用
安装python3.7+和pip。有关操作系统的具体说明，请参见Python网站上的说明。在
Pymzid可以通过pip从PyPI安装。我们建议使用虚拟环境。在
$ pip install pymzid
独立启动：
^{pr2}$或者：
$ pymzid
用作模块：
from pymzid.read_mzid import Mzid
mzid = Mzid("path/to/mzid")
mzid.read_psm()
给熊猫一个对象mzid.psm_df在
要测试安装是否可以在“测试/数据”中加载测试数据文件，请执行以下操作：
$ pip install tox
$ tox
要运行test Percolator数据并将输出打印到home：
$ python -m pymzid tests/data/comet_percolator/percolator.target.mzid -o ~
依赖性
Pymzid在Python 3.7和3.8中进行了测试，并使用了以下软件包：
pandas==1.0.4
tqdm==4.46.1
贡献
如果您希望提供帮助，请联系我们，并向我们提交拉取请求。在
作者
- Edward Lau，博士-代码/设计-ed-lau
另请参阅参与此项目的contributors的列表。在
许可证
这个项目是在MIT许可下授权的-请参阅LICENSE.md文件了解详细信息
- 项目
标签：
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