计算能够产生目标代谢物的最小代谢前体集合。

precursor的Python项目详细描述


安装

您可以通过运行:

$ pip install --user precursor

在Linux上,可执行脚本可以在~/.local/bin

中找到。

在macos上,脚本位于/Users/YOURUSERNAME/Library/Python/3.6/bin下。

用法

典型用法是:

$ precursor.py --autoseeds network targets 

有关更多选项,您可以按以下方式寻求帮助:

$ precursor.py --help
usage: precursor.py [-h] [--autoseeds] net inputs

positional arguments:
  net          metabolic network in SBML format
  inputs       targets in XML format

optional arguments:
  -h, --help   show this help message and exit
  --autoseeds  compute possible seed metabolites

样品

带有示例文件的存档文件here可用。

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