phylotoast 1.3.0

安装

从pypi安装phylotoast:

$ pip install phylotoast

来源：

$ python setup.py install

文件

有关脚本和代码的完整文档，请访问 docs.phylotoast.org（由Read the Docs主持）

要求

所需模块的列表将根据哪些可执行脚本和/或 你可以使用的api的一部分。因此，不需要依赖项 它将与Phylotoast一起自动安装。每个可执行脚本将 检查所需的库是否已安装，如果没有，将打印一条消息 找到了。

如果您想预先安装所有内容，下面是库的完整列表 用于Phylotoast:

• numpy
• scipy
• matplotlib>；=1.5.0
• biopython>；=1.60
• scikit-bio
• scikit-learn
• pandas
• statsmodels
• palettable
• biom-format>；=2.1.5
• h5py（用于解析biom v2.x格式文件）

来源

PhyloToAST source托管在github上。

引用

Dabdoub，S.M.等人。系统发育图：用于物种级分析和 复杂微生物数据集的可视化。科学。报告编号：29123；doi:10.1038/srep29123（2016）

使用Phylotoast的出版物

Tsigarida和Dabdoub等人，吸烟对种植体周围的影响 微生物组牙科研究杂志，2015；doi: 10.1177/0022034515590581

梅森等人，临床健康电流的龈下微生物群 从不吸烟。ISME期刊，2014；doi:10.1038/ismej.2014.114

Dabdoub等人，牙周和种植体周围微生物组的患者特异性分析。 牙科研究杂志，2013；doi: 10.1177/0022034513504950

参考文献

[1]J Gregory Caporaso等人，qiime允许分析 高通量社区测序数据。《自然方法》，2010年； doi:10.1038/nmeth.f.303

[2]Kumar PS等人，目标区域选择是一个关键的决定因素 16s热测序产生的群落指纹。公共科学图书馆一号 （2011）6（6）：E20956。doi:10.1371/journal.pone.0020956