用于PacBio基因组分析的Python实用程序库
pbga的Python项目详细描述
PBGA公司
PacBio基因组分析Python工具包。在
安装
这些代码可以在PyPi上找到，因此可以用pip安装它。在
pip install pbga
连接到PBGA数据库
PBGA数据库是一个H2数据库，因此主要用于Java。 我们可以从Python连接到数据库，如果：
- 本地计算机上安装了Java
- 本地计算机运行类似UNIX的操作系统（对不起，Windows用户）
然后：
^{pr2}$使用JannovarVariantEffects
我们可以访问JannovarVariantEffect枚举的值：
importpbga.effectsaspeve=pe.VARIANT_EFFECTS# get tuple with all variant effectsp=pe.get_priority('MISSENSE_VARIANT')# returns 21
Pythonlogging框架的快速设置
Pythonlogging框架的设置可能会很乏味。下面是一个小的助手函数：
frompbga.utilsimportsetup_logging# set level to INFO, create a `main.log` file use nice log message format setup_logging()
局限性
- 用
python>=3.6.8测试
- 项目
标签：
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