omnipath 1.0.3

安装

您可以通过运行以下命令来安装omnipath：

pip install omnipath

OmniPath数据库

OmniPath是一个数据库：

• 蛋白质、TF靶点与miRNA的相互作用
• 酶PTM关系
• 蛋白质复合物
• 蛋白质功能、结构、定位、表达的注释
• 蛋白质的细胞间通讯作用

要了解更多关于OmniPath的信息，您可以访问它的website，或者阅读我们最近的preprint 或者我们的第一个paper from 2016，尤其是它的supplementary material。在

Python客户端

数据可通过托管在website上的web服务获得。 这个存储库托管一个Python包来查询这个web服务，并且 将数据下载到数据帧或字典中。在

OmniPath的Python包是pypath，不是吗？

pypath是一个以完全可定制的方式构建OmniPath数据库的工具。 如果您希望：

• 根据您的需要定制数据库构建
• 包括公共web服务中不可用的资源
• 使用数据库对象可用的丰富的Python api
• 确保来自原始源的数据是最新的
• 使用pypath.inputs中的方法从资源下载数据
• 使用pypath.utils中的各种额外工具，例如标识符 翻译，同源翻译，查询基因本体，使用 蛋白质序列，加工生物酶等

有R客户吗？

是的，有。您可以在GitHub上找到R/Bioconductor包OmnipathR 或者在Bioconductor中。 R客户机目前支持web服务的所有特性。在

细胞景观

我们甚至有一个Cytoscape plug-in。 有了这个插件，你可以将网络加载到Cytoscape和access中 蛋白质的某些（不是全部）注释。在