基于多元热力学的Python代谢通量分析。
multitfa的Python项目详细描述
我们提出multifa,一个基于多元热力学的代谢流量分析 Python包。该框架利用了反应的吉布斯自由度 能量协方差矩阵用于严格约束代谢模型 热力学约束。它代表着比以前的进步 热力学代谢通量分析(tMFA)方法描述在[1]。在
这个实现需要一个COBRA模型作为输入,以及附加的 隔室条件和代谢物浓度。它允许用户执行 COBRA模型的各种热力学分析,如热力学代谢 通量分析、可变性分析或通量采样。请参见下面的 更多细节。在
[1] | Henry, Christopher S., Linda J. Broadbelt, and Vassily Hatzimanikatis. “Thermodynamics-Based Metabolic Flux Analysis.” Biophysical Journal 92, no. 5 (March 1, 2007): 1792–1805. https://doi.org/10.1529/biophysj.106.093138. |
使用
请查看中的Python脚本和Jupyter笔记本 examples目录。在
版权所有
- 版权所有©2018,诺和诺德生物可持续性基金中心。在
- 在Apache Software License 2.0下分发的自由软件。在
- 项目
标签: