用于高维、多块（多视图）数据的数据分析包。
jive的Python项目详细描述
jive
作者：Iain Carmichael
其他文档、示例和代码修订即将发布。 如有疑问、问题或功能要求，请联系iain： iain@unc.edu。
概述
jive是一个用于高维、多块的数据分析包 （或多视图）数据。多块数据设置意味着两个或多个数据 具有固定观察值集（例如患者）和多个 特征集（如临床特征和基因表达数据）。
该软件包中的主要算法是基于角度的关节和
解释的个体差异（ajive）是一种数据集成/特性
提取算法。Ajive发现联合变异模式
所有k个数据块以及individual变量模式的公共
对每个区块都是特定的。有关Ajive的详细讨论，请参见
Angle-Based Joint and Individual Variation Explained。R版本的
ajive可以找到here。
安装
要安装，请使用pip:
：：
pip install jive
或者克隆回购协议：
：：
git clone https://github.com/idc9/py_jive.git
python setup.py install
jive目前可用于python 3
示例
。代码：：python
from jive.AJIVE import AJIVE
from jive.PCA import PCA
from jive.ajive_fig2 import generate_data_ajive_fig2
from jive.viz.block_visualization import data_block_heatmaps, jive_full_estimate_heatmaps
import matplotlib.pyplot as plt
# %matplotlib inline
X, Y = generate_data_ajive_fig2()
data_block_heatmaps([X, Y])
。图片：：doc/figures/data_heatmaps.png
。代码：：python
# determine initial signal ranks by inspecting scree plots
plt.figure(figsize=[10, 5])
plt.subplot(1, 2, 1)
PCA().fit(X).plot_scree()
plt.subplot(1, 2, 2)
PCA().fit(Y).plot_scree()
。图片：：doc/figures/scree_plots.png
。代码：：python
ajive = AJIVE(init_signal_ranks={'x': 2, 'y': 3})
ajive.fit(blocks={'x': X, 'y': Y})
plt.figure(figsize=[10, 20])
jive_full_estimate_heatmaps(ajive.get_full_block_estimates(),
blocks={'x': X, 'y': Y})
。图片：：doc/figures/jive_estimate_heatmaps.png
。代码：：python
ajive.plot_joint_diagnostic()
。图片：：doc/figures/jive_diagnostic.png
帮助和支持
其他文档、示例和代码修订即将发布。 如有疑问、问题或功能要求，请联系iain： iain@unc.edu。
文件 ^^^^^^^^^^^^^
源代码位于github上：
https://github.com/idc9/py\_jive。目前最好的数学参考
是AJIVE paper。
测试 ^^^^^^^
使用nose完成测试。
贡献 ^^^^^^^^^^^^
我们欢迎有人作出贡献，使这一一揽子计划更加强大：数据示例， 错误修复、拼写错误、新功能等。
引文 ^^^^^^^^
一篇Journal of Statistical Software的论文即将发表。
。_伊恩·卡迈克尔：https://idc9.github.io/
…_基于角度的关节和个体变化解释：https://arxiv.org/pdf/1704.02060.pdf
…_这里：https://github.com/idc9/r_jive
…_这些笔记本示例：doc/example_笔记本/
…_https://github.com/idc9/py\_jive：https://github.com/idc9/r_jive
…_ Ajive纸张：https://arxiv.org/pdf/1704.02060.pdf
…_鼻子：http://nose.readthedocs.io/en/latest/
…_统计软件杂志：https://www.jstatsoft.org/index
欢迎加入QQ群-->： 979659372
