命令行工具，以加快对变量调用格式（VCF）文件的分析。
jacquard的Python项目详细描述
一套命令行工具，用于加速分析来自 多个病人和多个不同的呼叫者。
官方存储库位于：
https://github.com/umich-brcf-bioinf/Jacquard
用法
$ jacquard <subcommand> [options] [arguments]
子命令
| translate: | Creates new VCFs, adding a controlled vocabulary of new FORMAT tags. |
|---|---|
| merge: | Integrates a directory of VCFs into a single VCF. |
| summarize: | Adds new INFO fields and FORMAT tags that combine variant data from the merged VCF. |
| expand: | Explodes a VCF file into a tab-delimited file. |
有关特定子命令的帮助：
$ jacquard <subcommand> --help
有关完整文档，请参见ReadTheDocs。
通过电子邮件bfx-jacquard@umich.edu获取支持和问题。
um brcf生物信息学核心
安装Jaquard
Jacquard已经在Windows7、OSX和*nix上用Python 2.7和3.4进行了测试
先决条件
注意
pip安装所有必需的库；请参阅下面的[安装]。
- NatSort（3.5.2）
- 运行时需要进行前端测试、测试夹具（3.0.2）和numpy（>；=1.7.1） 自动化测试
安装
安装提花机最简单的方法是通过PyPI如果是皮普 在您的系统中不可用：
$ pip install jacquard
您可以从github的源代码安装：
$ pip install git+https://github.com/umich-brcf-bioinf/Jacquard
如果您没有根权限，可以在本地安装：
$ pip install --user jacquard
注意
您可能需要修改路径以包含python install dir （例如/users/<；username>；/.local/bin）
变更日志
1.1.2（2019年11月7日）
- 调整VCF处理以正确填充可选的尾部格式字段
- 调整了mutect转换以在filtermutectcalls时将pass视为体传递 出现在元标题中
1.1.1（2018年10月30日）
- 将静音转换器调整为：
- 分析样本元标题中的正常和肿瘤名称（如果可用）
- 识别更多的互斥元标题格式变体
1.1.0（2018年6月18日）
- 调整了translate以正确分析更新版本的mutect
- 更新了mutect、strelka、varscan支持的版本
- 修正了JQ_SUMMARY_DP_AVERAGE标记描述中的错误
1.0.0（2018年5月6日）
- 删除了过时的峰值目录
- 修正了expand中可能覆盖固定vcf字段（例如ref，alt， 如果信息中的字段名称相同。
- 切换到语义版本控制
0.42（2015年9月22日）
- 在readthedocs中添加了文档
- 使用示例数据改进工作流文档
- Merge现在将消除来自多个vc的标记冲突的歧义
- Translate/summary现在支持GT标记
- 将精度扩展到小数点后4位，以支持基因面板的分析。
- 调整翻译以处理空的高置信度varscan文件。
0.41（2015年7月5日）
- Combined filter command with merge command
- Extended expand to create simple metaheader glossary
- Adjusted code to support Python >=2.7 or 3.x
- Improved checks for consistent VCF file sets
- Fixed bug in merge that caused error if any VCFs were unsorted
- Fixed bug in summarize that caused error if variant was called by subset of callers
0.31（2015年3月17日）
- Downgraded VCF format from 4.2 to 4.1
- Fixed a bug that omitted CALLERS_REPORTED_LIST summary tag
- Simplified summary tags; removed dependency on numpy
- Adjusted VarScan translation to accept a file pattern to identify high-confidence files
0.3（2015年3月9日）
- Replaced normalize, tag commands with translate; relaxed constraints on incoming data.
- Renamed consensus to summarize
- More consistent behavior in expand
- Significantly improved merge performance
- Added new summary tags:
- CALLERS_REPORTED_COUNT
- CALLERS_REPORTED_LIST
- SAMPLES_REPORTED_COUNT
- CALLERS_PASSED_COUNT
- CALLERS_PASSED_LIST
- SAMPLES_PASSED_COUNT
- Fixed bug in how Strelka calculated AF on indels
- Improved command validation and error handling
- Added project/code documentation
- Removed dependencies on pandas
0.21（2014年10月）
- Initial public release
提花是由密歇根大学编写和维护的 brcf生物信息核心；个人贡献者包括：
- 杰西卡·贝尼
- 阿什维尼·巴西
- 克里斯·盖茨
- 迪维娅·克里蒂
- 孟凯文
- 彼得·乌林茨
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