一个围绕gromacs工具的python包装器。
GromacsWrapper的Python项目详细描述
围绕Gromacs工具的原始python包装器。图书馆是 使用Gromacs 4.6.5、2018.x、2019.x（和2016.x也适用）和 使用Python2.7和3.6进行测试。
gromacswrapper还提供了一个经常使用的小图书馆（烹饪书）。 配方和帮助函数来设置MD模拟。
Documentation主要通过python文档字符串和 可在https://gromacswrapper.readthedocs.org获取最新版本。
源代码在GromacsWrapper git repository中可用。
请注意，这是beta最肯定的 包含错误。你的责任是确保你 使用合理的参数运行模拟。
快速启动
给定一个pdb文件1iee.pdb，设置并运行一个简单的模拟（假设 您手头有所有其他输入文件，如mdp文件：
>>> import gromacs
>>> print(gromacs.release)
2018.2
>>> help(gromacs.pdb2gmx)
DESCRIPTION
gmx pdb2gmx reads a .pdb (or .gro) file, reads some database files,
adds hydrogens to the molecules and generates coordinates in GROMACS
...
...
OPTIONS
Options to specify input files:
-f [<.gro/.g96/...>] (eiwit.pdb)
Structure file: gro g96 pdb brk ent esp tpr
...
...
>>> gromacs.pdb2gmx(f="1ake.pdb", o="protein.gro", p="topol.top",
... ff="oplsaa", water="tip4p")
>>> gromacs.editconf(f="protein.gro", o="boxed.gro",
... bt="dodecahedron", d=1.5, princ=True,
... input="Protein")
>>> gromacs.solvate(cp="boxed.gro", cs="tip4p", p="topol.top",
... o="solvated.gro")
>>> gromacs.grompp(f="emin.mdp", c="solvated.gro", p="topol.top",
... o="emin.tpr")
>>> gromacs.mdrun(v=True, deffnm="emin")
>>> gromacs.grompp(f="md.mdp", c="md.gro", p="topol.top", o="md.tpr")
>>> gromacs.mdrun(v=True, deffnm="md")
许可证
gromacswrapper包根据以下条款提供 GNU Public License v3（或任何更高版本，由您选择） 除非下文另有说明。有关许可条款，请参见文件复制 所有模块。
发行版包含第三方软件，受 但作者是在许可证下分发的 包装许可证。在允许和必要的情况下，软件/文件 修改为与Gromacswrapper集成。
安装
开发版本
github源代码存储库中的master分支 包含有用的代码，但无论如何，事情可能会变得奇怪和 很棒的方式。请通过Issue Tracker报告问题，并 提到您使用了development分支。
使用开发代码库：签出master分支：
git clone https://github.com/Becksteinlab/GromacsWrapper.git cd GromacsWrapper
并安装
python setup.py install
下载和可用性
gromacswrapper主页是 http://github.com/Becksteinlab/GromacsWrapper。最新发布的 正在从https://github.com/Becksteinlab/GromacsWrapper/releases提供包
您还可以克隆GromacsWrapper git repository或fork 您自己的发展：
git clone git://github.com/Becksteinlab/GromacsWrapper.git
问题
请在Issue Tracker（而不是私人电子邮件）中提问。
报告错误并为GromacsWrapper做出贡献
请使用Issue Tracker报告错误、安装问题， 以及功能请求。
pull请求错误修复和增强非常受欢迎。参见http://makeapullrequest.com了解 关于如何发出请求并为开源项目做出贡献的一般介绍。
建筑文档
安装狮身人面像：
pip install sphinx
编译：
cd package/doc/sphinx make html
引用
《格罗马克饶舌歌手》是奥利弗·贝克斯坦写的，他的贡献来自 很多其他人。请查看文件AUTHORS中的所有名称。
如果你觉得这个包有用，并在出版的作品中使用它，我会 如果在文本中确认为
“… used GromacsWrapper (Oliver Beckstein et al, https://github.com/Becksteinlab/GromacsWrapper doi: 10.5281/zenodo.17901)”
或者在致谢部分。
谢谢你。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
