graftm是一个用于识别和分类从亚基因组数据集读取的标记基因的管道。
graftm的Python项目详细描述
#graftm
graftm是一个工具，可用于发现在亚基因组、亚转录体和整个基因组中感兴趣的基因。
graftm将使用模块化基因包，使用hmmsearch（hmmer）搜索提供的序列，并将识别的序列放入预先构建的系统发育树中。它提供了快速、系统发育信息丰富的群落概况和基因组注释。graftm提供工具：
*创建和更新自定义基因包，以便与graftm一起使用
*装饰树，当然..
*使用这些graftm包分析序列数据集
转到[graftm页]（http://geronimp.github.io/graftm/）了解更多一般信息。
\pip安装
graftm可以通过pip安装：
```
pip安装graftm
```
但是，要使用graftm的所有功能，需要一些额外的二进制应用程序：
*orfm v.>；=0.2.0（https://github.com/wwood/orfm）
*hmmer v.>；=3.1b1（http://hmmer.janelia.org/）
*fxtract（https://github.com/ctskennerton/fxtract）
*pplacer v.>；=2.6.32（http://matsen.fhcrc.org/pplacer/）
*krona v.>；=2.4（http://sourceforge.net/p/krona/home/krona/）
*mafft v.>；=7.22（http://mafft.cbrc.jp/）
*diamond v.>；=0.9（https://github.com/bbuchfink/diamond）所用diamond的版本必须与用于生成gpkgs的版本匹配，并且要运行测试，需要特定的版本。
你还需要
*fastreemp（http://www.microbesonline.org/fastree/）
graftm docker映像是可移植的容器，包含graftm代码及其所有python和非python依赖项，允许graftm在安装了docker的任何平台上运行。有关如何下载和运行Graftm Docker映像的详细信息，可以在[Graftm Docker]Github页面或[Docker Hub页面]（https://hub.docker.com/u/geronimp/）。
使用ace包存储库安装。安装[gnu guix]后（https://www.gnu.org/software/guix/）
````
git克隆https://github.com/ecogenomics/ace guix
guix包路径=ace guix guix包--安装graftm
```
graftm可以通过[conda/bioconda]安装（https://anaconda.org/bioconda/graftm）。
包括：
*16srrna包
*15个单拷贝核糖体蛋白标记基因
*产甲烷标记mcra
你想要的包，只要按如下方式解压缩：
````
tar-xvzf my.tar.gz
````
，你应该很好地去！
将示例文件另存为`/tmp/eg.fasta`，内容如下：
```
>；229854
gagttgagtcgtgcgattgaaccgtagcatagcatagcatagcatagcatagcatagcatagcatagcatagcatagcatgacttagctgct
aagttgaggtggaggatagaggatagagaggatagcatagcatagcatagcatagcatagcatagcatagcatagcatagcatagcatagcatagcatagcatagcatagcatagcatagactgggaactgggaactgaactgaactgaactcaag
然后我们可以使用graftm61%otu聚类graftm包检测并分类该序列。运行graftm可能看起来像这样：
```
$graftm graft--forward/tmp/eg.fasta--graftm--package/path/to/4.01.2013--u08--greengenes--u61--otus.gpkg/--output--egraftm目录移植物0.9.2
>>->>>>>；__|
--
-上午9:52:06信息：将读取与参考包数据库对齐
12/02/2015 09:52:06信息：从对齐中筛选出0个短序列
12/02/2015 09:52:06 AM信息：剩余1个序列
12/02/2015 09:52:06 AM信息：将读取放入系统发生树
12/02/2015 09:52:07 AM信息：放置完成
12/02/2015 09:52:07 AM信息：读取分类
12/02/2015 09:52:07 AM信息：读取分类
12/02/2015 09:52:07 AM信息：写入摘要表
12/02/2015 09:52:07 AM信息：写入生物模型文件
12/02/2015 09:52:07 AM信息：构建摘要Krona绘图
12/02/2015 09:52:07 AM信息：清理
12/02/2015 09:52:07 AM信息：完成，感谢使用Graftm！
```
这会创建一个包含结果的文件夹'e g.graftm'。
在这里，我们将从greengenes提供的高度简化的
集合中创建一个16s包。这里的数据在graftm的
[示例数据/创建]（https://github.com/geronimp/graftm/tree/master/example\data/create）文件夹中提供。格拉夫姆0.9.5
/
>；a/
-/
>；b
--->；gpkg
>；C uuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuu分类
08/02/2016 09:18:48 AM信息：检查重复序列
08/02/2016 09:18:48 AM信息：对齐序列以创建对齐的FASTA文件
08/02/2016 09:19:08 AM信息：从对齐构建HMM
08/02/2016 09:19:09 AM信息：从对齐
08/02/2016 09:19:09 AM信息：剩余22个序列
08/02/2016 09:19:09 AM信息：检查不正确或片段读取
08/02/2016 09:19:09 AM信息：从搜索HMM中删除0个序列，这些序列在分类文件中的6列冗余
08/02/2016 09:19:26 AM信息：从对齐中生成HMM
08/02/2016 09:19:28 AM信息：从对齐中筛选0个短序列
08/02/2016 09:19:28 AM信息：剩余22个序列
08/02/2016 09:19:28 AM警告：在4363260的序列中发现一个非标准字符：例如"w"
08/02/2016 09:19:28 AM信息：重复数据消除序列
08/02/2016 09:19:28 AM信息：删除0个序列作为重复，留下22个不相同的序列
08/02/2016 09:19:28 AM信息：构建树
08/02/2016 09:19:29 AM信息：构建序列信息And taxonomy文件来自input taxonomy
08/02/2016 09:19:29 am info:创建参考包
08/02/2016 09:19:29 am info:尝试运行taxit create with rerooting capabilities
08/02/2016 09:19:29 am info:创建diamond数据库
08/02/2016 09:19:29 am info:编译gpkg
08/02/2016 09:19:29 am信息：清理
08/02/2016 09:19:29 am信息：测试gpkg包工作
08/02/2016 09:19:37 am信息：完成
`````
"create"有许多可选参数，可用于修改生成gpkgs的过程。
happy嫁接！
HL = ENα！论坛/supportm）公共帮助论坛。
软件由[joel a.boyd]（http://ecogenomic.org/users/joel-boyd）（geronimp）和[ben j.woodcroft]（http://www.ecogenomic.org/users/ben-woodcroft）（wwood）在[澳大利亚生态基因组学中心]（http://ecogenomic.org）
在gpl3下发布-见license.txt获取许可详细信息
\graftm已发布-请在
>；**graftm：一个可扩展的、系统发育相关的基因分类工具**。
>；joel a boyd ben j woodcroft gene w tyson
>；核酸研究，第46卷，第10期，2018年6月1日，第E59页，https://doi.org/10.1093/nar/gky174
有关详细信息，请参见license.txt。graftm利用了来自[silva数据库]（https://www.arb-silva.de）的18srrna序列，该数据库采用了双重授权模式。有关详细信息，请参见silva.license.txt。
graftm是一个工具，可用于发现在亚基因组、亚转录体和整个基因组中感兴趣的基因。
graftm将使用模块化基因包，使用hmmsearch（hmmer）搜索提供的序列，并将识别的序列放入预先构建的系统发育树中。它提供了快速、系统发育信息丰富的群落概况和基因组注释。graftm提供工具：
*创建和更新自定义基因包，以便与graftm一起使用
*装饰树，当然..
*使用这些graftm包分析序列数据集
转到[graftm页]（http://geronimp.github.io/graftm/）了解更多一般信息。
\pip安装
graftm可以通过pip安装：
```
pip安装graftm
```
但是，要使用graftm的所有功能，需要一些额外的二进制应用程序：
*orfm v.>；=0.2.0（https://github.com/wwood/orfm）
*hmmer v.>；=3.1b1（http://hmmer.janelia.org/）
*fxtract（https://github.com/ctskennerton/fxtract）
*pplacer v.>；=2.6.32（http://matsen.fhcrc.org/pplacer/）
*krona v.>；=2.4（http://sourceforge.net/p/krona/home/krona/）
*mafft v.>；=7.22（http://mafft.cbrc.jp/）
*diamond v.>；=0.9（https://github.com/bbuchfink/diamond）所用diamond的版本必须与用于生成gpkgs的版本匹配，并且要运行测试，需要特定的版本。
你还需要
*fastreemp（http://www.microbesonline.org/fastree/）
graftm docker映像是可移植的容器，包含graftm代码及其所有python和非python依赖项，允许graftm在安装了docker的任何平台上运行。有关如何下载和运行Graftm Docker映像的详细信息，可以在[Graftm Docker]Github页面或[Docker Hub页面]（https://hub.docker.com/u/geronimp/）。
使用ace包存储库安装。安装[gnu guix]后（https://www.gnu.org/software/guix/）
````
git克隆https://github.com/ecogenomics/ace guix
guix包路径=ace guix guix包--安装graftm
```
graftm可以通过[conda/bioconda]安装（https://anaconda.org/bioconda/graftm）。
包括：
*16srrna包
*15个单拷贝核糖体蛋白标记基因
*产甲烷标记mcra
你想要的包，只要按如下方式解压缩：
````
tar-xvzf my.tar.gz
````
，你应该很好地去！
将示例文件另存为`/tmp/eg.fasta`，内容如下：
```
>；229854
gagttgagtcgtgcgattgaaccgtagcatagcatagcatagcatagcatagcatagcatagcatagcatagcatagcatgacttagctgct
aagttgaggtggaggatagaggatagagaggatagcatagcatagcatagcatagcatagcatagcatagcatagcatagcatagcatagcatagcatagcatagcatagcatagcatagactgggaactgggaactgaactgaactgaactcaag
然后我们可以使用graftm61%otu聚类graftm包检测并分类该序列。运行graftm可能看起来像这样：
```
$graftm graft--forward/tmp/eg.fasta--graftm--package/path/to/4.01.2013--u08--greengenes--u61--otus.gpkg/--output--egraftm目录移植物0.9.2
--
-上午9:52:06信息：将读取与参考包数据库对齐
12/02/2015 09:52:06信息：从对齐中筛选出0个短序列
12/02/2015 09:52:06 AM信息：剩余1个序列
12/02/2015 09:52:06 AM信息：将读取放入系统发生树
12/02/2015 09:52:07 AM信息：放置完成
12/02/2015 09:52:07 AM信息：读取分类
12/02/2015 09:52:07 AM信息：读取分类
12/02/2015 09:52:07 AM信息：写入摘要表
12/02/2015 09:52:07 AM信息：写入生物模型文件
12/02/2015 09:52:07 AM信息：构建摘要Krona绘图
12/02/2015 09:52:07 AM信息：清理
12/02/2015 09:52:07 AM信息：完成，感谢使用Graftm！
```
这会创建一个包含结果的文件夹'e g.graftm'。
在这里，我们将从greengenes提供的高度简化的
集合中创建一个16s包。这里的数据在graftm的
[示例数据/创建]（https://github.com/geronimp/graftm/tree/master/example\data/create）文件夹中提供。格拉夫姆0.9.5
/
>；a/
-/
>；b
--->；gpkg
>；C uuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuu分类
08/02/2016 09:18:48 AM信息：检查重复序列
08/02/2016 09:18:48 AM信息：对齐序列以创建对齐的FASTA文件
08/02/2016 09:19:08 AM信息：从对齐构建HMM
08/02/2016 09:19:09 AM信息：从对齐
08/02/2016 09:19:09 AM信息：剩余22个序列
08/02/2016 09:19:09 AM信息：检查不正确或片段读取
08/02/2016 09:19:09 AM信息：从搜索HMM中删除0个序列，这些序列在分类文件中的6列冗余
08/02/2016 09:19:26 AM信息：从对齐中生成HMM
08/02/2016 09:19:28 AM信息：从对齐中筛选0个短序列
08/02/2016 09:19:28 AM信息：剩余22个序列
08/02/2016 09:19:28 AM警告：在4363260的序列中发现一个非标准字符：例如"w"
08/02/2016 09:19:28 AM信息：重复数据消除序列
08/02/2016 09:19:28 AM信息：删除0个序列作为重复，留下22个不相同的序列
08/02/2016 09:19:28 AM信息：构建树
08/02/2016 09:19:29 AM信息：构建序列信息And taxonomy文件来自input taxonomy
08/02/2016 09:19:29 am info:创建参考包
08/02/2016 09:19:29 am info:尝试运行taxit create with rerooting capabilities
08/02/2016 09:19:29 am info:创建diamond数据库
08/02/2016 09:19:29 am info:编译gpkg
08/02/2016 09:19:29 am信息：清理
08/02/2016 09:19:29 am信息：测试gpkg包工作
08/02/2016 09:19:37 am信息：完成
`````
"create"有许多可选参数，可用于修改生成gpkgs的过程。
happy嫁接！
HL = ENα！论坛/supportm）公共帮助论坛。
软件由[joel a.boyd]（http://ecogenomic.org/users/joel-boyd）（geronimp）和[ben j.woodcroft]（http://www.ecogenomic.org/users/ben-woodcroft）（wwood）在[澳大利亚生态基因组学中心]（http://ecogenomic.org）
在gpl3下发布-见license.txt获取许可详细信息
\graftm已发布-请在
>；**graftm：一个可扩展的、系统发育相关的基因分类工具**。
>；joel a boyd ben j woodcroft gene w tyson
>；核酸研究，第46卷，第10期，2018年6月1日，第E59页，https://doi.org/10.1093/nar/gky174
有关详细信息，请参见license.txt。graftm利用了来自[silva数据库]（https://www.arb-silva.de）的18srrna序列，该数据库采用了双重授权模式。有关详细信息，请参见silva.license.txt。
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