神经元数据与信号模型的集成框架

FindSim的Python项目详细描述


Build Status

findsim

神经元数据和信号模型集成框架。相关文件可用 在https://doi.org/10.3389/fninf.2018.00038

关于

findsim项目将神经和细胞信号的模型映射到 实验协议和读数。它在模型上运行实验,并且 提供一个分数,报告两个匹配的程度。

许可证

此文件和此存储库中的文件是根据GPLv3或更高版本授权的。

安装

使用python-pip可以获得FindSim

要安装最后一个稳定版本(note这使用moose 3.1.4版(过时 在此版本中)

 $ pip install FindSim 

或者,要安装夜间构建的,

 $ pip install FinSim --pre   # recommended 

或者,您可以下载源代码并自己安装。

  1. 安装moose,可以在这里找到https://moose.ncbs.res.in/readthedocs/install/install.html
  2. 安装findsim
git clone https://github.com/BhallaLab/FindSim
cd FindSim
python setup.py install  

成功安装后,您可以使用两个命令 findsimfindsim_parallel。要查看帮助消息,请将-h选项传递给 任何一个命令。例如,findsim -h将显示以下内容 信息。

usage: findsim [-h] [-m MODEL] [-d DUMP_SUBSET] [-p PARAM_FILE] [-t] [-hp]
               [-hs] [-o] [-s SCALE_PARAM SCALE_PARAM SCALE_PARAM]
               [-settle_time SETTLE_TIME]
               script

FindSim argument parser This program loads a kinetic model, and runs it with
the specified stimuli. The output is then compared with expected output
specified in the same file, to generate a model score.

positional arguments:
  script                Required: filename of experiment spec, in tsv format.

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -m MODEL, --model MODEL
                        Optional: model filename, .g or .xml
  -d DUMP_SUBSET, --dump_subset DUMP_SUBSET
                        Optional: dump selected subset of model into named
                        file
  -p PARAM_FILE, --param_file PARAM_FILE
                        Optional: Generate file of tweakable params belonging
                        to selected subset of model
  -t, --tabulate_output
                        Flag: Print table of plot values. Default is NOT to
                        print table
  -hp, --hide_plot      Hide plot output of simulation along with expected
                        values. Default is to show plot.
  -hs, --hide_subplots  Hide subplot output of simulation. By default the
                        graphs include dotted lines to indicate individual
                        quantities (e.g., states of a molecule) that are being
                        summed to give a total response. This flag turns off
                        just those dotted lines, while leaving the main plot
                        intact.
  -o, --optimize_elec   Optimize electrical computation. By default the
                        electrical computation runs for the entire duration of
                        the simulation. With this flag the system turns off
                        the electrical engine except during the times when
                        electrical stimuli are being given. This can be *much*
                        faster.
  -s SCALE_PARAM SCALE_PARAM SCALE_PARAM, --scale_param SCALE_PARAM SCALE_PARAM SCALE_PARAM
                        Scale specified object.field by ratio.
  -settle_time SETTLE_TIME, --settle_time SETTLE_TIME
                        Run model for specified settle time and return dict of
                        {path,conc}.

命令findsim_parellel是一个助手实用程序:它运行多个模拟 在并行中使用findsim

快速启动

在默认模型(synSynth7.g)上运行一个示例实验并生成一个图 比较模型和实验。

findsim Curated/FindSim-Jain2009-Fig2B.tsv  

您还可以显式传递模型,

findsim Curated/FindSim-Jain2009-Fig2B.tsv --model models/synSynth7.g  

批量运行

要在指定目录中的所有tsv文件上查找dsim程序,请计算 分数,并打印出分数的基本统计数据,您应该使用 findsim_parallel命令。

findsim_parellel Curated -n 8 

它将使用8 独立进程(如果您的计算机至少有8个 核心)。-n的值不应超过N+1,其中N是数字 系统上处理器的数量(使用系统实用程序nproc查看此数字)。

此命令的更详细调用如下:

findsim_parallel path/to/tsv/files -n 6 --model synSynth7.g

存储库组织

FindSim/             		: project directory  
FindSim/stable			: Stable branch. Stable version of `develop` branch  
FindSim/Curated	   		: Folder contains FindSim worksheets to which the model is well fit.
FindSim/models			: Model files 
FindSim/findSim.py			: Main findSim script  
FindSim/runAllParallel.py		: Batch/parallel wrapper script.  
FindSim/FindSim-Exptworksheet.xlsx	: Template worksheet with inline help and units, for Microsoft Excel.  
FindSim/FindSim-Exptworksheet.ods	: Template worksheet with inline help and units, for Libre Office.  
FindSim/FindSim-Schema.xml 		: Schema for tsv files for worksheet.  
FindSim/README.md			: This file  

额外

findsim生成图形:一个集成神经元数据的框架 以及Nisha A.Viswan,G.V.Harsharani,Melanie I.Stefan的信号模型, Upinder S.Bhalla Front神经信息。2018年6月26日;12:38。内政部: 10.3389/fninf.2018.00038。2018年电子收集。

所有这些都是使用分支release.1.1.0运行的。请换成 分支来管理这些。

图6:底部
python findsim.py curated/findsim-jain2009_fig4f.tsv——模型模型/synsynth7.g

图7b:
python findsim.py curated/findsim-bhalla1999_fig2b.tsv——模型模型/synsynth7.g
python findsim.py curated/findsim-gu2004_fig3.tsv—模型模型/synsynth7.g

图7c:
python findsim.py curated/findsim-ji2010\u fig1c\u erk\u acute.tsv——模型模型/synsynth7.g

图7d:
python findsim.py curated/findsim-bhalla1999_fig4c.tsv——模型模型/synsynth7.g

其他资源

  • 实验工作表的Web模板可在此处找到 https://www.ncbs.res.in/faculty/bhalla-findsim/worksheet

  • 驼鹿遗址:http://moose.ncbs.res.in。驼鹿文献: http://moose.ncbs.res.in/readthedocs/install/index_install.html

  • 两篇论文被用作模型的初始基础,然后 有关数据,请参阅大量的实验研究:

    1. Bhalla US.,Iyengar R.生物信号通路网络的紧急特性。科学。1999年1月15日;283(5400):381-7。
    2. Jain P和Bhalla,美国激活树突状蛋白合成的信号逻辑:一个mtor门,而不是一个反馈开关。公共科学图书馆计算生物。2009年2月;5(2):e1000287。EPUB 2009年2月13日
  • 另外两篇论文被用于一些实验

    1. 顾杰等。β1,4-n-乙酰氨基葡萄糖转移酶iii下调 表皮生长因子和 整合素通过ras/erk信号通路在pc12细胞中的表达。 糖生物学。2004年2月;14(2):177-86。EPUB 2003年10月23日
    2. Ji Y等人bdnf浓度的急性和逐渐升高 神经元的独特信号和功能。Nat Neurosci。2010年 3月13日(3):302-9。doi:10.1038/nn.2505。EPUB2010年2月21日。
  • doqcs数据库,从中派生模型:http://doqcs.ncbs.res.insivakumaran等人。定量细胞信号数据库: 信令网络化学动力学模型的管理与分析。 生物信息学。2003年。19(3):408–415

欢迎加入QQ群-->: 979659372 Python中文网_新手群

推荐PyPI第三方库


热门话题
java是通过internet与客户机/服务器应用程序交互的最佳方式吗?   awt为什么不推荐java getPeer调用?   java类的添加方法   java在启动tomcat时传递数据库身份验证详细信息   如何创建具有关联值(如Swift enum)的Java枚举?   如何清理这个Java示例内存   visualvm如何在Java Visual VM中解释大型自时结果?   当实例变量的名称与参数变量相同时,java调用实例变量   eclipse缺少工件组织。硒。硒:seleniumjava:jar:3.14.59   java如何在Android Studio中Expandablelistview的子布局中使用Listview   从Guava 19升级到20时出现java编译错误   java在Maven 2中,我如何知道哪个依赖项来自于可传递依赖项?   需要javascript简单数据分级应用程序支持   接受特定对象或其子类型的java通用方法   在Java中剥离HTML   错误的Java字符串连接   Mybatis,Mysql中重复更新查询的java语法错误