drosra基于用户指定的参数(如性别、组织、细胞类型)构建了一个显示轨迹的url。
drosSRA的Python项目详细描述
德罗苏拉
drosSRA基于一个或多个用户指定的参数(即性别、组织、细胞类型)生成包含所有相关GEO轨迹的url
- 自由软件:麻省理工学院许可证
- 文档:https://drosSRA.readthedocs.io。
安装
下载并安装最新版本的drosSRA:
pip install drosSRA
使用量
用户可以使用五个可能的标志来搜索感兴趣的轨迹:pubmed id(-p)、sex(-s)、development stage(-d)、tissue(-t)和cell type(-c)。 例如,如果您对使用testis数据查看所有曲目感兴趣:
>> drosSRA -t testis https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/browser/?context=genome&acc=GCF_000001215.4&context=GEO&acc=ERX2162339%2CERX2162340%2CERX2162341%2CSRX014984%2CSRX014985%2CSRX1026313%2CSRX1045309%2CSRX1045369%2CSRX105953%2CSRX109278%2CSRX109279%2CSRX135547%2CSRX135548%2CSRX142027%2CSRX142028%2CSRX142029%2CSRX142030%2CSRX142031%2CSRX142032%2CSRX1512980%2CSRX1542553%2CSRX1542554%2CSRX1542555%2CSRX1542556%2CSRX1542557%2CSRX1637725%2CSRX1637726%2CSRX1637727%2CSRX1637728%2CSRX1637729%2CSRX1637730%2CSRX1637731%2CSRX1637732%2CSRX1637733%2CSRX1637734%2CSRX1637735%2CSRX1637736%2CSRX1720957%2CSRX1720958%2CSRX1842650%2CSRX1842775%2CSRX2166012%2CSRX2166014%2CSRX2166016%2CSRX2166017%2CSRX2166019%2CSRX2166020%2CSRX2166021%2CSRX2325622%2CSRX2325623%2CSRX2325625%2CSRX2325626%2CSRX2325628%2CSRX2325629%2CSRX2325630%2CSRX2325631%2CSRX2416970%2CSRX2416971%2CSRX2416972%2CSRX2416973%2CSRX2416974%2CSRX2416975%2CSRX2416976%2CSRX2416977%2CSRX2497546%2CSRX2497547%2CSRX2497548%2CSRX2497549%2CSRX2497550%2CSRX2497551%2CSRX2504297%2CSRX2504298%2CSRX2504299%2CSRX2504300%2CSRX2549197%2CSRX2549198%2CSRX2549199%2CSRX2677260%2CSRX2677261%2CSRX2677262%2CSRX2677263%2CSRX2683539%2CSRX2683540%2CSRX2683541%2CSRX2683542%2CSRX2683543%2CSRX2683545%2CSRX2683546%2CSRX2683547%2CSRX2683548%2CSRX2683550%2CSRX2683551%2CSRX2829107%2CSRX2829108%2CSRX2829109%2CSRX2829110%2CSRX3015350%2CSRX3015366%2CSRX319676%2CSRX319687%2CSRX320021%2CSRX320263%2CSRX321521%2CSRX321778%2CSRX3488043%2CSRX3488044%2CSRX3488045%2CSRX3488046%2CSRX3488047
或者,如果您对两个或多个参数的交集感兴趣,
>> drosSRA -d 'larval stage' -t CNS https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/browser/?context=genome&acc=GCF_000001215.4&context=GEO&acc=ERX2162997%2CERX2162999
学分
这个包是用Cookiecutter和audreyr/cookiecutter-pypackage项目模板创建的。
历史记录
0.4.1(2018-10-24)
- 使用Travis修补程序修复部署
0.4.0(2018-10-23)
- 基因组浏览器自动打开PITA
0.3.0(2018-10-22)
- drosra.py的重做以处理多个标志
0.2.0(2018-10-16)
- pypi上的第一个版本。(0.1.0搞砸了)