未提供项目说明
dls-marco-score-ispyb的Python项目详细描述
这是一个运行marco评分工具的脚本 对于在列表中传递给它的图像,并将分数写入ispyb数据库 使用ispby API。在
it牵引作业有两个要求:
- 必须建立到数据库的连接
- 需要将计算评分的图像添加到名为ispyb.BLSampleImage. 在
更多详细信息,请参阅票证VMXI-488中的注释。在
一旦建立了本地数据库连接并添加了映像 对于数据库,脚本可按如下方式使用:
import dls_marco_score_ispyb.score as ms
crystal_images = [‘imgae1’, ‘image2’]
ms.run(crystal_images)
特点
Run函数最多包含3个参数。第一个是图像名称列表 (绝对路径)并且是必需参数。二是路径 对于ispyb config文件(ispyb_config_path),这是一个可选参数,默认值为 本地主机的路径(默认的_ISPYB_CONFIG=dls_marco_score_ispby/配置配置) 第三个参数是marco模型的路径,这也是 可选参数,默认值为模型的路径 与模块一起打包(默认的_MODEL_DIR=dls_marco_score_ispby/savedmodel)。在
安装
要安装dls_marco_score_ispyb,请执行以下操作:
pip install dls_marco_score_ispyb
注意dls_marco_score_ispyb-tensorflow使用的一个模块在版本方面有点挑剔 皮普曾经安装过它。确保安装了最新版本的pip。在
贡献
dls_marco_score_ispyb的源代码在gitlab上 -源代码:https://gitlab.diamond.ac.uk/controls/python3/dls_marco_score_ispyb
支持
如果您有任何问题,请联系Urszula Neuman urszula.neuman@diamond.ac.uk
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