第二代排序数据的错误抑制和变量调用管道
Dellingr的Python项目详细描述
Dellingr
第二代测序数据的错误抑制和变量调用管道
说明
有关详细信息，请参见完整的wiki页面：http://produse.readthedocs.io/en/latest/
安装
依赖性
在安装Dellingr之前，您需要安装以下各项：
3.7>python>=3.4bwa>=0.7.0samtools>=1.3.1
Dellingr将在运行管道之前检查这些依赖项
要安装Dellingr软件包，请运行以下命令：
使用python包索引（pypi）安装
pip install Dellingr
从github安装
git clone https://github.com/morinlab/Dellingr.git
cd Dellingr
python setup.py install
在此步骤中，将安装所有必需的python依赖项
运行Dellingr
分析管道：快速启动
您可以在wiki上查看更详细的说明
运行produse所需的所有参数都可以使用以下命令查看：
dellingr run_dellingr -h
或者，如果您希望在不安装dellingr的情况下运行它，可以用类似的方式手动运行DellingrPipeline.py：
/path/to/Dellingr/DellingrPipeline.py -h
虽然这些参数可以单独指定，但也可以使用配置文件提供它们
要运行分析管道，只需运行以下命令：
dellingr run_dellingr
-c /path/to/github/clone/etc/dellingr_config.ini
或者：
/path/to/Dellingr/DellingrPipeline.py
-c /path/to/github/clone/etc/dellingr_config.ini
这将在sample_config.ini文件中指定的所有样本上运行整个Dellingr管道，该文件可以在 etc/sample_config.ini
结果将位于以下目录：
ls ./dellingr_analysis_directory
帮助脚本
Dellingr软件包由几个阶段组成，以帮助分析双重测序数据。
可以通过运行以下命令查看这些阶段：
dellingr -h
Dellingr适配器预测
如果需要确认样本的预期适配器序列，则应运行以下命令：
dellingr adapter_predict -i input1.fastq input2.fastq
此工具将根据每个位置的ACGT丰度打印预测的适配器序列。它使用这些观察到的丰度，并为iupac的明确或不明确的基础找到最接近的预期丰度。
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