我需要很多次的Python实用程序库
ddgen的Python项目详细描述
ddgen公司
我曾经多次需要的Python实用程序库
选择具有最高优先级的RefSeq转录本
参考文献：转录本分为以下几类：
NM_，XM_，NR_，XR_
如果我们有来自多个来源的转录本，我们要选择一个来自最高优先级的来源。在
E.g.
NM_has higher priority thanXM_.
如果我们有来自一个单一来源的多个转录本，我们要选择一个较小的整数。在
E.g.
NM_123.4has higher priority thanNM_124.4.
fromddgen.utilsimportprioritize_refseq_transcripts# tx will be `NM_123.4`tx=prioritize_refseq_transcripts(['NM_123.4','NM_124.4','XM_100.1'])
获得Jannovar变体效果的优先级
Jannovar将一个或多个效果分配给一个变体。效果看起来像
MISSENSE_VARIANTSTOP_GAINEDSPLICE_DONOR_VARIANTCODING_TRANSCRIPT_VARIANT等
这些影响按降低假定致病性的顺序排列（即CODING_TRANSCRIPT_VARIANT通常比STOP_GAINED危害小）。在
如果这个变体影响多个转录本，那么它对每一个转录本都有不同的影响。在某些情况下，只选择和评估最严重的影响可能是有用的。在
为了做出选择，我们使用了变异效应的概念priority。代表优先级的数字越低，优先级越高。在
我们可以通过比较效果优先级来实现：
^{pr2}$连接到h2数据库
H2数据库是一个纯javasql数据库，因此它主要用于Java。 我们可以从Python连接到数据库，如果：
- 本地计算机上安装了Java
- 本地计算机运行类似UNIX的操作系统（对不起，Windows用户）
在这种情况下：
fromddgen.dbimportH2DbManagerwithH2DbManager("path/to/database.mv.db",user="sa",password="sa")ash2:withh2.get_connection()asconn:withconn.cursor()ascur:# do whatever you want with the connection/cursorcur.execute('SELECT * FROM DB.TABLE;')fori,xinzip(range(5),cur.fetchall()):# print first 5 lines print(x)
设置日志记录
Python内置logging库的快速设置：
fromddgen.utilsimportsetup_loggingsetup_logging()
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