比较基因组工具箱3
cogent3的Python项目详细描述
cogent3
cogent3是一个成熟的python库，用于分析基因组序列数据。我们努力在Jupyter笔记本电脑中提供一流的体验，但算法也支持在具有1000个处理器的计算系统上并行执行。在
是给谁的？在
任何想用稳健统计模型分析序列差异的人
cogent3在为序列演化建模提供大量的non-stationary Markov models方面是独一无二的。cogent3还包括时间可逆模型的广泛集合（同样包括novel codon models）。我们所做的不仅仅是发明这些新方法，我们还有established the most robust algorithms来实现它们，以及它们的suitability for real data。此外，还有一些新的信号处理方法集中在integer period signals的统计估计上。在
任何想进行探索性基因组数据分析的人
{1>提供了一套全新的数据处理能力。你可以通过它们的注释来操作序列，例如
另外，你可以阅读标准的表格和生物数据格式，使用任何cogent3替代模型进行多序列比对，系统发育重建和树操作，表格数据的操作，系统发育可视化等等。在
任何一个寻找基因组数据分析的函数式编程方法的人
我们的cogent3.app模块提供了一种非常不同的方法来使用库功能。值得注意的是，函数式编程风格的接口降低了使用cogent3高级功能的门槛。它还支持建立适合大规模分析的管道。熟悉R的人应该会发现这个界面非常容易使用。在
安装？在
$ pip install cogent3
安装extra——添加可视化支持
注：仅在发布≥2020.3之前的开发版本中提供
extra组包括可视化所需的python库（即plotly和psutil加pandas（可选）
安装dev——添加cogent3与开发相关的库
dev组包括开发cogent3所需的python库。在
$ pip install cogent3[dev]
安装开发版本
$ pip install git+https://github.com/cogent3/cogent3.git@develop#egg=cogent3
项目信息
cogent3是在BSD-3许可证下发布的，^{
项目历史
cogent3是{a16}的后代。虽然PyCogent有很多共同之处，但是变化的数量是巨大的，这促使了一个新名称cogent3。之所以选择这个名称是因为cogent始终是导入名称（可以追溯到PyEvolve in 2004），而且它只是python3。在
鉴于这段历史，我们感谢多年来作出贡献的众多个人。这些人在他们贡献的所有文件中都得到了明确的承认，并且是PyEvolve和{a19}原始出版物的共同作者。在
与PyCogent版本1.9相比，有了大量的更改。其中包括集成了过去十年中由Huttley lab出版的算法和模型的许多新发展。我们还对我们的附属设施进行了现代化改造。例如，我们现在使用plotly进行可视化，tqdm用于进度条显示，concurrent.futures和{tox和{
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