clark-biom 1.0.0

安装

>；来自PYPI:

$ pip install clark-biom

>；来自github:

$ pip install git+http://github.com/smdabdoub/clark-biom.git

>；来源：

$ python setup.py install

要求

• 生物模型格式>；=2.1.5
• h5py>；=2.5.0[可选]

文档

程序以克拉克的一个或多个文件输出为输入 估算工具。每个文件都被解析，每个otu的计数 （操作分类单元）与数据库ID（如NCBI）一起记录， 还有血统。提取的数据然后存储在biom表中，其中每个计数 链接到它所属的样本和otu。样本ID从 输入文件名（扩展名前面的“.”之前的所有内容）。

biom格式目前有两个主要版本。版本1.0使用 json（javascript对象表示法）格式作为基础。版本2.x使用 以hdf5（分层数据格式v5）为基础。输出格式可以是 使用–fmt选项指定。注意，tab分隔（tsv）输出 格式也可用。生成的文件将不包含 元数据，但可以通过电子表格程序打开。

默认情况下，biom格式的版本2用于输出，但需要 python库“h5py”。如果图书馆没有安装，克拉克·比姆会 自动切换到使用版本1.0。注意输出可以 对于版本1.0和TSV文件，可以选择使用gzip（–gzip）压缩。 版本2文件将自动压缩。

目前，每个otu id的分类法作为行元数据存储在biom中。 使用qiime和metaphlan使用的七级格式的表：k_u k，p_u p，… 如果您希望支持其他格式，请提交问题或发送 拉式请求（注意贡献指南）。

usage: clark-biom.py [-h] [-o OUTPUT_FP] [--fmt {hdf5,json,tsv}] [--gzip]
                     [--version] [-v]
                     clark_abd_tbl [clark_abd_tbl ...]

用法示例

1. 默认参数的基本用法：

   $ clark-biom S1.txt S2.txt
   

This produces a compressed BIOM 2.1 file: table.biom with sample IDs: S1, S2.

1. Biom v1.0输出：

   $ clark-biom S1.txt S2.txt --fmt json
   

Produces a BIOM 1.0 file: table.biom

1. 压缩TSV输出：

   $ clark-biom S1.txt S2.txt --fmt tsv --gzip -o table.tsv
   

Produces a TSV file: table.tsv.gz

程序参数

位置参数：

clark_abd_tbls          Abundance table files from estimate_abundance.sh

可选参数：

-o OUTPUT_FP, --output_fp OUTPUT_FP
                      Path to the BIOM-format file. By default, the table
                      will be in the HDF5 BIOM 2.x format. Users can
                      output to a different format using the --fmt option.
                      The output can also be gzipped using the --gzip
                      option. Default path is: ./table.biom
--fmt {hdf5,json,tsv}
                      Set the output format of the BIOM table. Default is
                      HDF5.
--gzip                Compress the output BIOM table with gzip. HDF5 BIOM
                      (v2.x) files are internally compressed by default,
                      so this option is ignored when specifying --fmt
                      hdf5.
--version             Print program's version number and exit
-v, --verbose         Print status messages during program execution.
-h, --help            Print this help message and exit