统计文件库和转换脚本。
cflib-pomo的Python项目详细描述
计数文件库
这个python库cflib提供了在fasta、vcf和
计算文件数。文件使用的计数
PoMo，一个
一个多态性感知系统发育模型的实现我们建议你使用
pomo在IQ-TREE中实现。
有关参考，请参阅并引用：
Schrempf, D., Minh, B. Q., De Maio, N., von Haeseler, A., &
Kosiol, C. (2016). Reversible Polmorphism-Aware Phylotenetic
Models and their Application to Tree Inference. Journal of
Theoretical Biology, in press.
要求
cflib要求^{cflib还使用以下python库
安装时自动拉取cflib：
安装
安装cflib和转换脚本
pip install --user cflib-pomo
请注意，pypi存储库上cflib（由pip使用）的名称是
cflib-pomo，因为名字cflib被取了！
如果操作系统的标准Python版本仍然是2.x（例如。，
osx），确保使用，pip3。
--user标志是可选的，它告诉python安装cflib和
脚本仅适用于此用户，但不适用于整个系统。
如果要卸载cflib，
pip uninstall cflib-pomo
在下列情况下，[转换脚本]（#转换脚本）应直接可用
您的PATH环境变量设置正确。对于我的Linux安装，
必须包含python路径~/.local/bin。这可能会因您的
操作系统。
示例
样本数据可以在examples中找到。假设已经安装了
cflib我们现在将^{example_from_fasta.cf的文件。第script
我们将使用的是^{
FastaToCounts.py --help
usage: FastaToCounts.py [-h] [-v] [--iupac] fastaFile output
Convert fasta to counts format.
The (aligned) sequences in the fasta file are read in and the data is
written to a counts format file.
Sequence names are stripped at the first dash. If the stripped
sequence name coincide, individuals are put into the same population.
E.g., homo_sapiens-XXX and homo_sapiens-YYY will be in the same
population homo_sapiens.
Take care with large files, this uses a lot of memory.
The input as well as the output files can additionally be gzipped
(indicated by a .gz file ending).
If heterozygotes are encoded with IUPAC codes (e.g., 'r' for A or G),
homozygotes need to be counted twice so that the level of polymorphism
stays correct. This can be done with the `--iupac` flag.
positional arguments:
fastaFile path to (gzipped) fasta file
output name of (gzipped) outputfile in counts format
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-v, --verbose turn on verbosity (-v or -vv)
--iupac heteorzygotes are encoded with IUPAC codes
根据请求，example.fasta中的序列名是，例如，
Sheep-1、Sheep-2等等以下代码转换文件
example.fasta进入计数文件example_from_fasta.cf：
FastaToCounts.py example.fasta example_from_fasta.cf
转换脚本
- CountsToFasta.py：将计数文件转换为 fasta文件
- FastaToCounts.py：将fasta文件转换为counts 格式。
- FastaToVCF.py：将fasta文件转换为变量调用 格式。
- FastaVCFToCounts.py：转换fasta 使用VCF文件引用计数格式。
- FilterMSA.py：过滤多序列对齐
文件（应用标准筛选器；cf.
libPoMo） - GPToCounts.py：实验性的。转化基因 参考计数格式的预测文件。
- MSAToCounts.py：转换多个序列 与VCF文件对齐以计数格式。
每个脚本都有自己的文档。请执行，例如
FastaToCounts.py --help
所有转换脚本都可以在scripts文件夹中找到。
文档
如果您对cflib本身感兴趣，请参阅
cflib reference manual
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