大鼠脑图谱模块
brainatlas的Python项目详细描述
大鼠脑图谱的python接口
目的
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使用大鼠脑图谱…
1）构建不同脑区的三维点云
2）查找给定位置的区域（ml，dv，AP坐标）
3）获取给定位置的包含部分图像
4）在平坦的皮质表面上绘制位置
这些文件是
但是模块运行所必需的。
关于pyatlas.pyatlas.py第6.5节3.5-7节
>在一节上绘制一个位置（显示并保存绘图）
>>；关于pyatlas.py第6.5节3.5-7节-ps
>获取一个位置的区域
>>；关于pyatlas.pyatlas.py第6.5节3.5-7节
>
>获取一个区域的点云（保存到网格/<；area>；>；>；area>；>；>；>；>；>；asc；【需要一段时间】
>
&>；>；>pyatlas.py points v2l-m
pyatlas.py cortex 6.5 3.5-7-ps
<；dv>；<；ap>；-一个区域。p
notes
----
这是一个错误和老套的所有见鬼的
我想要的是从一堆标记的脑图集图像中生成一个选定脑区域的三维网格
步骤：
1）获取脑图集的eps文件
2）在每个eps文件中查找选定区域标签的位置
3）将eps文件渲染到位图格式
4）查找与选定区域边界相对应的像素
5）将图像映射到大脑坐标
6）为每个切片上选定区域的边界输出三维大脑坐标
7）使用meshlab从点生成网格
在这里，我真正喜欢的是：（2）为所有阿特拉斯切片做一个更灵活的映射），在一个区域的点文件中自动生成一个网格文件。（点：2），简化了点：1；合并：~.05世界单位
3）另存为网格（例如：.ply）
4）重新加载
3）网格点：
过滤->；重新网格->；曲面重建（球体旋转）：~.5世界单位（或.7用于v2l）
5）闭合孔
5）平滑：
过滤->；平滑->；拉普拉斯平滑：2次迭代
6）另存为网格（例如：.ply）
目的
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使用大鼠脑图谱…
1）构建不同脑区的三维点云
2）查找给定位置的区域（ml，dv，AP坐标）
3）获取给定位置的包含部分图像
4）在平坦的皮质表面上绘制位置
这些文件是
但是模块运行所必需的。
关于pyatlas.pyatlas.py第6.5节3.5-7节
>在一节上绘制一个位置（显示并保存绘图）
>>；关于pyatlas.py第6.5节3.5-7节-ps
>获取一个位置的区域
>>；关于pyatlas.pyatlas.py第6.5节3.5-7节
>
>获取一个区域的点云（保存到网格/<；area>；>；>；area>；>；>；>；>；>；asc；【需要一段时间】
>
&>；>；>pyatlas.py points v2l-m
pyatlas.py cortex 6.5 3.5-7-ps
<；dv>；<；ap>；-一个区域。p
notes
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这是一个错误和老套的所有见鬼的
我想要的是从一堆标记的脑图集图像中生成一个选定脑区域的三维网格
步骤：
1）获取脑图集的eps文件
2）在每个eps文件中查找选定区域标签的位置
3）将eps文件渲染到位图格式
4）查找与选定区域边界相对应的像素
5）将图像映射到大脑坐标
6）为每个切片上选定区域的边界输出三维大脑坐标
7）使用meshlab从点生成网格
在这里，我真正喜欢的是：（2）为所有阿特拉斯切片做一个更灵活的映射），在一个区域的点文件中自动生成一个网格文件。（点：2），简化了点：1；合并：~.05世界单位
3）另存为网格（例如：.ply）
4）重新加载
3）网格点：
过滤->；重新网格->；曲面重建（球体旋转）：~.5世界单位（或.7用于v2l）
5）闭合孔
5）平滑：
过滤->；平滑->；拉普拉斯平滑：2次迭代
6）另存为网格（例如：.ply）
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